Eukaryotische microben omvatten een breed scala aan organismen en onderscheiden zich van prokaryoten (bacteriën en archaea) door de aanwezigheid van een kern en andere membraangebonden organellen. Hier is een uitsplitsing van de hoofdtypen:

1. Fungi: Dit zijn heterotrofe (verkrijg voedsel van andere organismen) en omvatten:

* gisten: Eencellige schimmels zoals Saccharomyces cerevisiae (gebruikt in bakken en brouwen)

* Molds: Filamenteuze schimmels die meercellige structuren vormen zoals Penicillium (gebruikt voor het maken van penicilline).

* Paddestoelen: Grotere, vruchtlichamen van sommige schimmels

2. Protozoa: Dit zijn eencellige, heterotrofe organismen met verschillende vormen en motiliteitsmechanismen. Enkele voorbeelden zijn:

* amoeba: Beweeg met pseudopodia (tijdelijke uitbreidingen van cytoplasma)

* paramecium: Gebruik cilia (haarachtige structuren) voor beweging

* trypanosoma: Heb een flagellum (zweepachtige structuur) voor beweging en veroorzaken ziekten zoals slaapziekte

3. Algen: Dit zijn fotosynthetisch (maak hun eigen voedsel) en kunnen eencellig of meercellig zijn:

* diatomeeën: Hebben unieke glasachtige celwanden en zijn een belangrijk onderdeel van fytoplankton

* dinoflagellaten: Sommige zijn bioluminescerend en kunnen rode getijden veroorzaken

* Groene algen: Nauw verwant aan planten en omvatten soorten zoals Chlamydomonas

4. Slijmvormen: Deze organismen worden gekenmerkt door hun unieke levenscyclus, afwisselend tussen een vrijlevende amoeboid-podium en een meercellig, spore-producerend stadium.

Belangrijke opmerking: Hoewel de meeste eukaryotische microben microscopisch zijn, kunnen sommige van zeewier en champignons vrij groot zijn.