1. Vergelijkende anatomie: Dit omvat het vergelijken van de structuren van verschillende organismen.

* Homologe structuren: Dit zijn structuren die vergelijkbare onderliggende anatomie hebben, maar kunnen verschillende functies hebben. De voorpoten van een walvis, vleermuis, mens en krokodil delen bijvoorbeeld allemaal een vergelijkbare botstructuur, ondanks dat ze verschillende toepassingen hebben. Dit suggereert dat ze zijn geëvolueerd van een gemeenschappelijke voorouder met die fundamentele botstructuur.

* analoge structuren: Dit zijn structuren die vergelijkbare functies hebben, maar verschillende onderliggende anatomie. Bijvoorbeeld de vleugels van een vogel en de vleugels van een vlinder. Deze structuren evolueerden onafhankelijk vanwege vergelijkbare omgevingsdruk, niet gedeelde afkomst. Analoge structuren kunnen nuttig zijn bij het begrijpen van aanpassing, maar ze zijn minder nuttig bij het traceren van evolutionaire relaties.

* overblijfselen: Dit zijn structuren die zijn verminderd of niet functioneel in moderne organismen, maar functioneel waren bij voorouderlijke soorten. Voorbeelden zijn de appendix bij mensen, de bekkenbotten in walvissen en de vleugels van Flightless Birds. Deze structuren suggereren dat de moderne organismen zijn geëvolueerd van voorouders die een functionele versie van de structuur hadden.

2. Moleculaire biologie: Dit omvat het vergelijken van het genetische materiaal (DNA of RNA) van verschillende organismen.

* DNA -sequencing: Door de sequenties van DNA te vergelijken, kunnen wetenschappers overeenkomsten en verschillen tussen soorten identificeren. Soorten die een recentere gemeenschappelijke voorouder delen, zullen meer vergelijkbare DNA -sequenties hebben.

* Eiwitvergelijkingen: De aminozuursequenties van eiwitten kunnen ook worden vergeleken. Overeenkomsten in eiwitsequenties suggereren een gedeelde afkomst.

Door organismen te vergelijken met behulp van deze methoden, kunnen wetenschappers evolutionaire bomen bouwen, die de evolutionaire relaties tussen verschillende soorten weergeven. Deze bomen leveren bewijs voor de afdaling van al het leven van een gemeenschappelijke voorouder.