In het bijzonder worden degenen die ziekte veroorzaken pathogene protozoans genoemd . Ze zijn verantwoordelijk voor een breed scala aan infecties bij mensen en dieren. Enkele voorbeelden van pathogene protozoën zijn:

* amoebas (zoals _entamoeba histolytica_) die amoebiasis veroorzaken, een ernstige darminfectie.

* flagellaten (zoals _giardia lamblia_) die giardiasis veroorzaken, een veel voorkomende darminfectie.

* sporozoans (zoals _Plasmodium falciparum_) die malaria veroorzaken, een dodelijke ziekte overgedragen door muggen.

* ciliates (zoals _balantidium coli_) die dysenterie kunnen veroorzaken, een darminfectie.

Deze protozoën veroorzaken schade door enzymen of toxines vrij te geven die cellen doden en weefselfunctie verstoren.