Zijn beroemde experiment, uitgevoerd in de jaren 1860, omvatte met behulp van zwanenhalskolfen. Met deze kolven konden lucht binnenkomen, maar voorkwamen stofdeeltjes (en dus eventuele bacteriën in de lucht) om de bouillon erin te bereiken.

Hier is hoe het experiment werkte:

1. steriele bouillon: Pasteur gekookte bouillon in zwanenhalskolfen, waarbij bestaande bacteriën worden gedood.

2. Blootstelling aan lucht: De bouillon werd vervolgens blootgesteld aan de lucht, maar de zwanenhek verhinderde dat stofdeeltjes binnenkwamen.

3. Geen groei: De bouillon in deze kolven bleef duidelijk, wat geen bacteriegroei aangeeft.

4. De nek breken: Pasteur brak vervolgens de nek van sommige kolven, waardoor stofdeeltjes de bouillon konden betreden.

5. Groei: Deze bouillon werd al snel bewolkt en vertoonde bacteriegroei.

Dit experiment heeft overtuigend aangetoond dat bacteriën alleen voortkomen uit bestaande bacteriën, die de theorie van spontane generatie weerleggen die voorstelde dat het leven zou kunnen voortkomen uit niet-levende materie. Dit was een mijlpaal ontdekking op het gebied van microbiologie en droeg aanzienlijk bij aan de ontwikkeling van de kiemtheorie.