Lichtmicroscoop:

* cellen: Plantencellen, dierencellen, bacteriën, gist

* weefsels: Spierweefsel, zenuwweefsel, epitheelweefsel

* Kleine organismen: Protozoa, algen, kleine insecten

* Interne structuren van cellen: Nucleus, mitochondria, chloroplasten

* Dunne plakjes materialen: Hout, papier, stoffen

Elektronenmicroscoop:

* virussen: Deze zijn te klein om te worden gezien met een lichtmicroscoop.

* Interne structuren van cellen gedetailleerd: Ribosomen, eiwitten, DNA -strengen

* kristallen: Gedetailleerde atomaire regelingen

* nanomaterialen: Materialen met afmetingen in het nanometerbereik.

Andere microscopen:

* Scanning -tunneling microscoop: Kan individuele atomen beeld maken.

* Atomaire krachtmicroscoop: Kunnen beeldoppervlakken op atoomniveau.

Het hangt dus echt af van de specifieke structuur en het gebruikte type microscoop.