Dit is waarom:

* Prokaryotische cellen zijn eenvoudig: Ze missen de complexe interne organisatie die wordt gevonden in eukaryotische cellen, waaronder membraangebonden organellen zoals mitochondria.

* endosymbiotische theorie: Men denkt dat mitochondriën afkomstig zijn van vrijlevende bacteriën die werden overspoeld door vroege eukaryotische cellen. Dit proces, bekend als endosymbiose, leidde ertoe dat de mitochondriën een integraal onderdeel van de eukaryotische cel werden.

* Energieproductie: Prokaryotische cellen hebben hun eigen mechanismen voor het genereren van energie, meestal door het celmembraan. Ze hebben geen mitochondria nodig.

Samenvattend zijn mitochondriën een bepalend kenmerk van eukaryotische cellen en zijn ze niet aanwezig in prokaryotische cellen.