Dit betekent dat:

* mutaties accumuleren in een gestaag tempo in de loop van de tijd.

* Het aantal verschillen tussen twee sequenties is evenredig met de tijd omdat ze afwijken van een gemeenschappelijke voorouder.

Hierdoor kunnen wetenschappers de snelheid van moleculaire evolutie gebruiken om de tijd van divergentie tussen verschillende soorten of lijnen te schatten.

Het is echter belangrijk op te merken dat de moleculaire klok niet perfect is. De mutatiesnelheid kan variëren, afhankelijk van factoren zoals:

* Het specifieke gen of eiwit dat wordt bestudeerd.

* de generatietijd van het organisme.

* De selectieve druk die op het organisme werkt.

Daarom wordt het moleculaire klokmodel vaak gebruikt in combinatie met andere methoden om evolutionaire relaties en divergentietijden te schatten.