Dit is waarom:

* Synonieme mutaties zijn veranderingen in de DNA -sequentie die de aminozuursequentie van het eiwit dat door het gen wordt gecodeerd niet veranderen. Dit komt omdat de genetische code overbodig is, wat betekent dat meerdere codons kunnen coderen voor hetzelfde aminozuur.

* Niet-synonieme mutaties , aan de andere kant, verander de aminozuursequentie, die mogelijk de functie en structuur van het eiwit kan veranderen.

* invoegingen en deleties (Indels) kunnen frameverschuivingen veroorzaken, wat leidt tot significante veranderingen in de eiwitsequentie en uitgebreide herschikking vereisen.

Omdat synonieme mutaties de eiwitsequentie niet veranderen, hebben ze minimale impact op de algehele structuur en functie van het gen. Hierdoor worden ze minder geneigd om de afstemming van homologe regio's over verschillende soorten te verstoren.

Daarom zou een synonieme mutatie het minst vereisen dat homologe regio's opnieuw worden afgestemd in een gen dat voor meerdere gerelateerde soorten gemeenschappelijk is.