Morfologische kenmerken: In eerste instantie worden nieuw ontdekte organismen geclassificeerd op basis van hun morfologische kenmerken, zoals fysieke kenmerken, structuren en algehele uiterlijk. Wetenschappers onderzoeken verschillende aspecten, zoals grootte, vorm, kleur, lichaamsstructuur, aanhangsels en unieke eigenschappen. Morfologische classificatie dient als een voorbereidende stap bij het begrijpen van de algemene kenmerken van het organisme en het identificeren van overeenkomsten met bekende soorten.

Moleculaire analyse: Door de vooruitgang in de moleculaire biologie is DNA-sequencing een essentieel instrument geworden in de moderne taxonomie. Wetenschappers halen DNA uit het organisme en analyseren het genetische materiaal ervan. Door DNA-sequenties te vergelijken met die van bekende organismen, kunnen ze genetische verwantschap en evolutionaire relaties bepalen. DNA-analyse maakt een nauwkeurigere classificatie mogelijk en helpt bij het identificeren van nieuwe soorten, zelfs als ze vergelijkbare morfologieën hebben.

Biochemische analyse: Biochemische kenmerken, zoals de aanwezigheid van specifieke eiwitten, enzymen of andere biochemische markers, kunnen ook worden gebruikt voor classificatie. Deze markers kunnen inzicht geven in het metabolisme, de fysiologie en de genetische samenstelling van het organisme. Biochemische analyse vormt een aanvulling op morfologische en moleculaire gegevens en biedt een uitgebreid inzicht in de biologische kenmerken van het organisme.

Ecologische en gedragsgegevens: Informatie over de habitat van het organisme, ecologische interacties, gedrag en levenscyclus kan bijdragen aan de classificatie ervan. Bestuderen waar een organisme leeft, zijn interacties met andere soorten en zijn unieke gedrag kunnen belangrijke aanwijzingen onthullen over zijn evolutionaire geschiedenis en relaties met andere organismen.

Paleontologisch bewijs: In het geval van uitgestorven organismen kunnen paleontologische gegevens, zoals fossielenbestanden, waardevolle informatie voor classificatie verschaffen. Door gefossiliseerde overblijfselen te onderzoeken, kunnen wetenschappers inzicht krijgen in de morfologie, anatomie en evolutionaire relaties van het organisme, waardoor het binnen de bredere context van de Boom des Levens kan worden geplaatst.

Het is belangrijk op te merken dat classificatiesystemen dynamisch zijn en voortdurend evolueren naarmate er nieuwe informatie en ontdekkingen worden gedaan. Wetenschappers gebruiken een combinatie van deze criteria en integreren verschillende bewijslijnen om een ​​nieuw ontdekt organisme in de meest geschikte taxonomische groep te plaatsen en de evolutionaire relaties ervan met bestaande soorten te bepalen.