Zoals de meeste biomen op aarde, overleeft het savanne-ecosysteem op een delicaat evenwicht tussen omgevingsfactoren en verschillende soorten, waaronder mensen. Ernstige droogte kan deze graslanden beroven van hun levengevende water en gebladerte, terwijl stropers en inheemse volkeren vaak het voedselweb dreigen te verstoren door het doden van dieren voor sport of overleven.
Menselijke activiteiten

Menselijke activiteiten kan ernstige bedreiging vormen voor savanne-ecosystemen. Niet-duurzaam watergebruik en irrigatiemethoden kunnen mogelijk levengevende rivieren en watergaten opdrogen. In regio's waar inheemse mensen regelmatig bushmeat - wild vlees - in hun dieet opnemen, zijn hoefdierenpopulaties met merkbare snelheden gedaald. Sommige savanne-wilde dieren worden ook bejaagd als trofeeën; Zwarte neushoorns worden vooral opgejaagd vanwege hun waardevolle hoorns. Zelfs sommige plantensoorten worden overgeoogst vanwege hun commerciële waarde. Gravures gemaakt van Afrikaans Blackwood, een savanne, worden vaak verkocht op toeristenmarkten.
Droogte en zware begrazing

Langdurige, ernstige droogte heeft een gevaarlijk effect op een savanne-ecosysteem, met begrazingspatronen die dit effect verergeren . De combinatie van ernstige droogte en begrazing kan een grasland van voornamelijk eetbare, overblijvende grassen veranderen in een savanne gedomineerd door oneetbare grassen en planten. Licht begraasde graslanden behouden hun kwaliteit van smakelijke, meerjarige grassoorten, maar de samenstelling van plantensoorten kan nog steeds worden gewijzigd. Experts hebben gevraagd om oplossingen voor begrazingsbeheer tijdens droogte-afleveringen om de richting van potentiële verandering naar duurzaamheid van grasland te beïnvloeden.
Woestijnvorming

Tropische savannes grenzen vaak aan droge, woestijngebieden en de verspreiding van woestijnachtige omstandigheden in droge graslandgebieden worden woestijnvorming genoemd. Deze bedreiging voor een savanne-ecosysteem omvat effecten veroorzaakt door klimaatverandering, landbouwmethoden, overbegrazing, agressieve irrigatie in de landbouw, waardoor het waterpeil lager wordt dan plantenwortels, ontbossing en erosie. Elk jaar wordt meer dan 46.000 vierkante kilometer Afrikaanse savanne woestijn. Het planten van droogtebestendige planten kan de verschuivende zandduinen stabiliseren en beginnen met de proliferatie van extra vegetatie.
Koolstofemissies

Een onderzoek uit 2012 schreef grote toename in houtachtige plantmassa toe aan het "CO2-bemestingseffect". auteurs stelden dat de toename van de groei van houtachtige planten werd veroorzaakt door een toename van atmosferisch koolstofdioxide. Een dramatische toename van het aantal bomen en struiken kan het hele savanne-ecosysteem bedreigen, omdat deze planten meer water gebruiken dan grassen. Natuurbeschermers in Namibië hebben gemeld dat houtachtige planten zowel antilopen als de cheeta's die op hen jagen hebben belemmerd - een ontwikkeling die onbekende gevolgen kan hebben voor de graslanden.