Virussen: Virussen zijn natuurlijke vectoren die DNA tussen verschillende organismen kunnen overbrengen. Sommige virussen, zoals bacteriofagen, kunnen bacteriën infecteren en hun eigen DNA in het bacteriële genoom inbrengen. Andere virussen, zoals retrovirussen, kunnen hun DNA in het genoom van eukaryote cellen invoegen.

Plasmiden: Plasmiden zijn kleine, cirkelvormige DNA-moleculen die onafhankelijk van chromosomaal DNA kunnen repliceren. Plasmiden kunnen worden gemanipuleerd om vreemd DNA te dragen en kunnen tussen bacteriën worden overgedragen via een proces dat conjugatie wordt genoemd.

Cosmiden: Cosmiden zijn grote plasmiden die grotere DNA-fragmenten kunnen dragen dan plasmiden. Cosmiden kunnen worden gebruikt om DNA-fragmenten met een grootte tot 40 kilobasen te klonen.

Bacteriële kunstmatige chromosomen (BAC's): BAC's zijn grote, cirkelvormige DNA-moleculen die DNA-fragmenten tot 300 kilobasen groot kunnen dragen. BAC's worden gebruikt om grote DNA-fragmenten te klonen die niet in plasmiden of cosmiden kunnen worden gekloneerd.

Gist kunstmatige chromosomen (YAC's): YAC's zijn grote, cirkelvormige DNA-moleculen die DNA-fragmenten tot 1 megabase groot kunnen dragen. YAC's worden gebruikt om zeer grote DNA-fragmenten te klonen die niet in BAC's kunnen worden gekloneerd.