Eukaryoten zijn allerlei soorten organismen met complexe cellen die mitochondriën, kernen en andere celdelen bevatten. De drie belangrijkste celgroepen zijn schimmels, planten en dieren. Veel schimmels zijn alleen oppervlakkig gerelateerd aan planten. Ze zien er misschien enigszins uit als planten en hebben celwanden die vergelijkbaar zijn met plantencelwanden, maar er is een frenologieboom die laat zien hoe schimmels nauwer verwant kunnen zijn aan dieren dan planten. Omdat dieren in de evolutionaire geschiedenis dichter bij schimmels staan dan planten, zou je kunnen zeggen dat een paddenstoel dichter bij een mens staat dan bij groenten in een saladebar.
Proteïne

De eiwitsequenties van schimmels lijken meer op dieren dan op planten. Cellulaire slijmschimmeleiwit lijkt bijvoorbeeld meer op dierlijke eiwitten dan op plantaardige eiwitten. De lengte van de ribosomen in schimmels vertoont een aminozuur dat vergelijkbaar is met spieren. In feite zijn er verschillende aminozuursequenties die vergelijkbaar zijn met zware-keteneiwitten in zoogdieren. Een van deze aminozuren is 81 procent identiek aan een menselijk aminozuur.
Chlorofyl

Plantaardige cellulose is anders dan schimmelcellulose. Bij röntgenstraling is plantaardige cellulose meer kristallijn dan schimmelcellulose. Zowel schimmels als dieren bevatten geen chloroblasten, wat betekent dat noch schimmels noch dieren fotosynthese kunnen verwerken. Chlorofyl maakt planten groen en zorgt voor plantenvoeding. Schimmels absorberen daarentegen voedingsstoffen uit ontbindend plantaardig materiaal via een enzymatisch proces en dieren eten hun voedsel in. Chitine

Schimmels en dieren bevatten beide een polysacharidemolecule genaamd chitine die planten niet delen. Chitine is een complexe koolhydraat die wordt gebruikt als structurele component. Schimmels gebruiken chitine als het structurele element in de celwanden. Bij dieren zit chitine in het exoskelet van insecten en in de snavels van weekdieren. Chitine werkt op dezelfde manier als plantaardige cellulose, maar chitine is sterker. Studies uitgevoerd op schimmels polysachariden hebben aangetoond dat toevoeging van alkali bevattende stikstof schimmels vernietigde en azijnzuur produceerde. Deze chemische reacties vonden niet plaats in plantenpolysachariden.
Schimmels zijn geen algen

Algen zijn de eenvoudigste en meest primitieve planten. In 1955 concludeerde Dr. George W. Martin dat schimmels waren afgeleid van algen die chlorofyl hadden verloren. In de hypothese van Martin was echter niet van mening dat atmosferische omstandigheden mogelijk anders waren geweest toen het leven begon dan in 1955. Ook hield Martin geen rekening met het feit dat stikstofbindende bacteriën al hadden kunnen bestaan voordat de planten evolueerden, wat gebruikt had kunnen worden als voedselbron voor de schimmels. In 1966 werd Dr. A.S. Sussman merkte op dat hoewel schimmels oppervlakkig op algen leken, er aspecten van schimmels waren, zoals celkernen en organisatie, die niet konden worden verklaard.
Sterolen

Sommige biologen hebben aangehaald dat dierlijke en schimmelsterolen verschillen daarom kunnen schimmels niet vergelijkbaar zijn met dieren. Dieren produceren cholesterol, terwijl schimmels ergosterol produceren. Bij nader onderzoek bevatten zowel schimmel- als dierlijke sterolen lanosterol, terwijl fytosterolen in groene planten cycloartenol bevatten.
Zijn eigen categorie?

Misschien zijn schimmels niet afkomstig van planten of eencellige dieren. Sommige biologen hebben beweerd dat schimmels fylogenetisch verschillend zijn van alle andere eukaryoten. Schimmels lijken uniek te zijn in het feit dat ze alleen een vertalingsverlengingsfactor nodig hebben die EF-3 wordt genoemd. Er zijn enkele eiwitactiviteiten die essentieel zijn voor in vivo translatieverlenging.