Nadat u DNA-monsters op een agarosegel hebt uitgevoerd en een foto hebt gemaakt, kunt u de foto later opslaan. Op dat moment kunt u de resultaten analyseren en interpreteren. Het soort dingen dat u zoekt, is afhankelijk van de aard van uw experiment. Als je DNA-vingerafdrukken aan het maken bent, wil je bijvoorbeeld de grootte van stukken DNA van twee monsters vergelijken - van de verdachte en van een voorbeeld van een plaats delict. Als u echter met plasmiden van bacteriën werkt, moet u er mogelijk voor zorgen dat het plasmide de insert bevat. Hoe u uw gel interpreteert, hangt dus gedeeltelijk af van het experiment dat u deed. Niettemin zijn er enkele algemene regels die u kunt toepassen.

Vanaf de bovenkant van de afbeelding meet u de afstand tot elke band in de "standaarden" -strook van uw gel (ook wel de ladder genoemd). De standaardstrook bevat DNA-onderdelen waarvan de grootte al bekend is, dus u moet al de grootte van elke stuk kennen voordat u aan uw experiment begint. Meet ook de afstand afgelegd door de banden in elk van de voorbeeldstroken.

Verdeel de afstand van elke standaard en elke band in de monsters over de afstand tot de onderkant van de gel. Het resultaat wordt de relatieve mobiliteit genoemd. U kunt het spreadsheetprogramma gebruiken om de berekening voor u uit te voeren als deze stap sneller wordt uitgevoerd.

Voer de relatieve mobiliteit en grootte van elke standaard in uw spreadsheetprogramma in en gebruik vervolgens de grafiektool van uw spreadsheetprogramma om een grafiek van deze gegevens met relatieve mobiliteit op de x-as en de grootte op de y.

Pas een lijn op de grafiek aan met niet-lineaire regressie. Raadpleeg de Help-sectie van uw spreadsheetprogramma als u wilt weten hoe u dit moet doen. Je zou moeten eindigen met een vergelijking, misschien een die lijkt op de volgende:

y = (0.3) x ^ -2.5

Merk op dat x hier de relatieve mobiliteit is, terwijl y de grootte. Merk ook op dat uw vergelijking mogelijk compleet verschillende getallen voor de exponent en de coëfficiënt heeft - deze vergelijking wordt slechts als een hypothetisch voorbeeld gegeven.

Neem de relatieve mobiliteit voor de banden uit uw sample en sluit deze aan als x om de grootte van de DNA-stukken in de voorbeeldbanden te berekenen.

Stel dat de vergelijking die door uw spreadsheetprogramma is verkregen, inderdaad y = (0,3) x ^ -2,5 was en dat de relatieve mobiliteit van een bepaalde voorbeeldband 0,68 was . Vervangend 0.68 in uw vergelijking, vindt u het volgende:

y = (0.3) (0.68) ^ - 2.5

Met uw rekenmachine verhoogt u 0.68 naar -2.5 en vindt u het volgende:

y = (0.3) (2.62)

y = 0.786 of

wat dan de geschatte grootte in kilobasen van het DNA in een van de banden uit uw steekproef zou zijn.

Plasmids

Houd er rekening mee dat u mogelijk de instructies in dit gedeelte al dan niet hoeft te gebruiken. Agarosegelelektroforese wordt vaak gebruikt om te bevestigen dat een plasmide een gegeven insert bevat. Als u niet met plasmiden werkt, kunt u dit gedeelte overslaan. Als u echter wel deze instructies kunt volgen.

Merk op dat als u met niet-gesneden of nicked plasmiden werkt, u de grootte niet kunt schatten met behulp van de procedure uit deel 1 hierboven. Dat komt omdat ongesneden en geknipte plasmiden met verschillende snelheden migreren van lineair DNA.

Vergelijk het aantal banden in elke rij. Bedenk dat een restrictie-enzym DNA knipt op plaatsen waar een bepaalde sequentie, de restrictieplaats genaamd, voorkomt. Als een monster met TWEE restrictie-enzymen werd behandeld, zou een band voor het insert en een band voor de rest van het plasmide aanwezig moeten zijn. Dat komt omdat het insert zal worden geflankeerd door twee restrictieplaatsen, elk voor een ander enzym, dus knippen op beide van deze plaatsen zal het insert van het plasmide vrijmaken. Een afsnijding op slechts één plaats daarentegen zal het plasmide in lineair DNA omzetten. Een monster gesneden zonder restrictie-enzymen of één restrictie-enzym zou dan een enkele band moeten hebben, terwijl een monster gesneden met twee restrictie-enzymen twee banden zou moeten bevatten.

Let op banden gecreëerd door nicked plasmide DNA. Een nicked plasmide heeft alleen een snede in een enkele streng, dus het migreert langzamer dan een gesneden plasmide. Gesneden plasmiden migreren beurtelings langzamer dan ongesneden DNA.

Schatten de grootte van de insert af aan de hand van de procedure die wordt beschreven in deel 1 en bepalen of deze overeenkomt met uw verwachtingen (die variëren afhankelijk van het experiment.)