Bij de meeste soorten wordt het geslacht bepaald door de geslachtschromosomen. Bij mensen en andere zoogdieren hebben vrouwtjes bijvoorbeeld twee X-chromosomen, terwijl mannen één X en één Y hebben. De geslachtschromosomen bevatten genen die de ontwikkeling van mannelijke en vrouwelijke voortplantingsorganen regelen, evenals secundaire geslachtskenmerken zoals lichaamsgrootte. en haargroei.

Bij sommige soorten wordt het geslacht echter niet bepaald door de geslachtschromosomen. In plaats daarvan wordt het bepaald door andere factoren, zoals de omgeving of de aanwezigheid van bepaalde genen. Bij sommige soorten reptielen wordt het geslacht bijvoorbeeld bepaald door de temperatuur waarbij de eieren worden uitgebroed. Bij sommige vissoorten wordt het geslacht bepaald door de aan- of afwezigheid van één enkel gen.

In één specifiek geval, de fruitvlieg *Drosophila melanogaster*, ontwikkelt een klein percentage van de individuen zich tot interseksevliegen. Dit komt omdat sommige cellen in deze vliegen niet kunnen "zeggen" of ze mannelijk of vrouwelijk zijn. Deze intersekse vliegen hebben zowel mannelijke als vrouwelijke voortplantingsorganen en kunnen steriel zijn.

De reden voor dit ongebruikelijke fenomeen is nog niet helemaal duidelijk, maar er wordt aangenomen dat het te wijten is aan een mutatie in een gen dat betrokken is bij geslachtsbepaling. Deze mutatie zorgt ervoor dat sommige cellen in de vlieg zich ontwikkelen met een mannelijke identiteit, terwijl andere cellen zich ontwikkelen met een vrouwelijke identiteit. Als gevolg hiervan ontwikkelt de vlieg zich met zowel mannelijke als vrouwelijke voortplantingsorganen.