De bewering over de afwezigheid van een belangrijk immuunsysteem bij veel bacteriën als gevolg van auto-immuniteit klopt niet. Auto-immuniteit wordt doorgaans geassocieerd met het immuunsysteem van gewervelde dieren en wordt gekenmerkt door een immuunrespons gericht tegen de eigen weefsels of cellen van het lichaam. Bacteriën hebben geen adaptief immuunsysteem dat vergelijkbaar is met gewervelde dieren en vertonen niet op dezelfde manier auto-immuniteit. Bacteriën beschikken over verschillende verdedigingsmechanismen om zichzelf te beschermen tegen externe bedreigingen en infecties, waaronder fysieke barrières zoals de celwand en het membraan, systemen voor beperkingsmodificatie, CRISPR-Cas-systemen en andere immuunachtige mechanismen.