Samenvatting:

Salmonella enterica serovar Typhimurium (S. Typhimurium) is een belangrijke door voedsel overgedragen ziekteverwekker die bij mensen ernstige gastro-enteritis kan veroorzaken. Varken is een belangrijk natuurlijk reservoir en een essentiële bron van menselijke salmonellose-infecties wereldwijd. Het begrijpen van de genetische basis van de aanpassing en kolonisatie van S. Typhimurium bij het varken is van cruciaal belang voor het ontwikkelen van effectieve interventies voor het beheersen van salmonella in varkensvleesproductiesystemen en het verminderen van menselijke infecties. In deze studie hebben we de volledige genoomsequencing uitgevoerd van 200 S. Typhimurium-isolaten verkregen uit verschillende bronnen in de varkensvleesproductieketen, waaronder varkensboerderijen, slachthuizen en varkensvleesproducten. Vergelijkende genomische analyse onthulde de aanwezigheid van verschillende genomische varianten die geassocieerd zijn met elke fase van de productieketen, wat het vermogen van de bacteriën om zich aan te passen aan de verschillende omgevingsomstandigheden benadrukt. Er werd gevonden dat isolaten die specifieke virulentiegenen herbergen, zoals die betrokken zijn bij darminvasie en systemische verspreiding, vaker voorkomen bij varkens dan in andere bronnen, wat wijst op het selectieve voordeel van deze genen voor overleving en persistentie binnen de gastheer. Daarnaast hebben we genomische eilanden geïdentificeerd die uniek zijn voor S. Typhimurium-isolaten van varkens en die zouden kunnen bijdragen aan hun aanpassing en kolonisatie in deze gastheersoort. Deze bevindingen bieden nieuwe inzichten in de genetische mechanismen van de aanpassing en persistentie van salmonella-gastheer, en identificeren potentiële doelwitten voor het beheersen van salmonella in de varkensvleesproductie en het verminderen van het risico op menselijke infectie.