1. DNA-buiging: Eiwitten kunnen bochten in de dubbele DNA-helix veroorzaken, waardoor verborgen DNA-sequenties kunnen worden blootgelegd. Dit kan worden bereikt door eiwitten die aan specifieke DNA-sequenties binden en een conformationele verandering in de DNA-structuur veroorzaken, of door eiwitten die aan de DNA-skelet binden en een bocht in het DNA veroorzaken zonder sequentiespecificiteit.

2. DNA-looping: Eiwitten kunnen op afstand gelegen DNA-sequenties dicht bij elkaar brengen door het DNA in een lus te plaatsen. Dit kan worden bereikt door eiwitten die aan twee verschillende DNA-sequenties binden en deze samenbrengen, of door eiwitten die aan een enkele DNA-sequentie binden en een lus in het DNA veroorzaken.

3. DNA smelten: Eiwitten kunnen de dubbele DNA-helix doen smelten, waardoor verborgen DNA-sequenties kunnen worden blootgelegd. Dit kan worden bereikt door eiwitten die aan specifieke DNA-sequenties binden en de waterstofbruggen tussen de DNA-basenparen verbreken, of door eiwitten die aan de DNA-skelet binden en een conformationele verandering in de DNA-structuur veroorzaken die tot smelten leidt.

4. DNA-afwikkeling: Eiwitten kunnen de dubbele DNA-helix afwikkelen, waardoor verborgen DNA-sequenties kunnen worden blootgelegd. Dit kan worden bereikt door eiwitten die aan specifieke DNA-sequenties binden en het DNA op een sequentiespecifieke manier afwikkelen, of door eiwitten die aan de DNA-skelet binden en een conformationele verandering in de DNA-structuur veroorzaken die tot afwikkelen leidt.

5. Andere mechanismen: Naast deze mechanismen kunnen eiwitten ook via andere mechanismen aan verborgen DNA-sequenties binden, zoals door intercalatie tussen DNA-basenparen, door te binden aan DNA-modificaties of door interactie aan te gaan met andere eiwitten die aan DNA zijn gebonden.

Het specifieke mechanisme waarmee een eiwit zich aan verborgen DNA bindt, hangt af van de structuur en functie van het eiwit, evenals van de DNA-sequentie en -structuur.