Natrium dodecylsulfaat-polyacrylamide gelelektroforese (SDS-PAGE) is een biochemische methode voor het identificeren van eiwitten in oplossing. Zoals geïllustreerd door Mathews et al. In "Biochemistry", worden eiwitmonsters eerst geladen in "putjes" of gaten aan één einde van het polyacrylamidegelblok. Vervolgens wordt een elektrisch veld op de gel aangebracht. SDS, toegevoegd aan de geladen monsters, maakt de natuurlijke lading van eiwitten teniet. Om deze reden bepaalt het molecuulgewicht van het eiwit alleen de migratiesnelheid van eiwitten terwijl ze door de gel bewegen in de richting van de positief geladen pool, noteert Bitesize Bio. Meerdere eiwitten in hetzelfde monster zullen daarom van elkaar worden gescheiden en naar verschillende posities migreren.

Oriënteer de gelfoto. "Boven" is de locatie van de bronnen waar de monsters oorspronkelijk waren toegevoegd. "Onder" is de plaats waar de monsters naartoe zijn gemigreerd en meestal bevat het kleurstoffront dat de migrerende voorzijde van de monsters aangeeft. Links of rechts moet een "marker" bevatten die wordt gebruikt als voorspelbare molecuulgewichtsgeleider.

Label de monsters voor elke rijstrook. Aan de bovenkant zijn de monsters die aan de wells zijn toegevoegd, verticaal gemigreerd in "rijstroken". Daarom zijn alle balken die zichtbaar zijn in een verticale kolom afkomstig van het ene monster dat direct erboven is geladen. Gebruik de liniaal en pen om randen op de rijstroken te plaatsen als het moeilijk is om kolommen te visualiseren.

Label de molecuulafmetingen van de banden in de markeringsstrook. In de handel verkrijgbare merkers worden geleverd met een afbeelding van het te verwachten bandpatroon samen met de molecuulgewichten van elke band. Banden zijn de donkere horizontale "balken", die feitelijk gekleurd eiwit zijn ingebed in de gel.

Teken lichte horizontale lijnen die zich uitstrekken van elke markeringsband naar de tegenoverliggende rand van de gel. Zorg ervoor dat deze lijnen parallel lopen aan de wells en aan de voorkant van de kleurstof. Deze lijnen geven aan waar proteïnen van het molecuulgewicht die door elk van de merkbanden worden aangegeven, zich in elke baan zouden bevinden. Een band in baan 4 die zich net onder de lijn bevindt die zich uitstrekt van de 25-kilodalton-markeringsband zou bijvoorbeeld suggereren dat de baan 4-band bijna maar niet helemaal 25 kilodalton in molecuulgewicht is.

Label elke band in elke baan met zijn geschatte molecuulgewicht. Gebruik de markeringen als richtlijn en schat de waarden tussen de markeringsgrootten.

Maak een lijst met 'eiwitten' voor elke rijstrook onder de gelfoto. Begin met het vermelden van wat er over elk monster bekend is, zoals de oorsprong of de omstandigheden. Vermeld dan het geschatte molecuulgewicht van elke band in de baan. Lanen met één band geven aan dat het monster slechts één eiwit bevat. Lanen met meerdere banden duiden op de aanwezigheid van meerdere eiwitten. Banden die met het migratievoorblad werken, zijn kleiner dan door de dichtstbijzijnde markering wordt gesuggereerd en kunnen waarschijnlijk niet worden voorspeld, behalve als 'kleiner dan' de markering aangeeft.

Noteer eigenaardigheden in de eiwitlijst. Een "besmeurd" uiterlijk kan erop duiden dat er te veel eiwitten aanwezig zijn of dat de viscositeit van het monster de migratie ervan beïnvloedt. Als banden de grenzen van de rijstrook lijken te overschrijden of vrij groot zijn in vergelijking met andere banden, dan is de concentratie van dat eiwit waarschijnlijk te hoog en moet worden verdund in toekomstige elektroforese. Een grijsachtige tint in de baan, donkerder dan de achtergrondgelkleur, duidt op niet te onderscheiden eiwitfragmenten.

Bepaal de identiteit van de eiwitten in elke rijstrook. Hoewel dit gebeurt met alleen het molecuulgewicht, zal de bron van elke rijstrook waarschijnlijk ook aanwijzingen geven. Overweeg dat onder bepaalde omstandigheden eiwitten een dimeer- of trimeerassociatie op een gel kunnen handhaven. Daarom kan een eiwit op een gel verschijnen als drie verschillende banden. Zelfs als eiwitten niet kunnen worden geïdentificeerd, kan de relatieve duisternis van de banden de concentraties van de eiwitten in de oplossing impliceren. Alle vreemde en onbekende eiwitten kunnen direct uit de originele gel worden geïsoleerd en ter identificatie worden verzonden.