Protisten en bacteriën behoren tot verschillende domeinen van het leven, de eukaryoten en de prokaryoten, gespleten door lange eonen van evolutie. Niettemin delen ze, zoals alle vormen van leven op aarde, een gemeenschappelijke voorouder, en dus zijn er een aantal intrigerende overeenkomsten. Ondanks de ongelooflijke diversiteit van zowel protisten als bacteriën, kun je een paar generalisaties maken over wat ze gemeen hebben.

Genetische code

In protisten, bacteriën en alle andere organismen, bepaalde sequenties van chemische stoffen baseparen in DNA-code voor bepaalde aminozuren. De code is bijna universeel, in de zin dat dezelfde sequentie van het DNA codeert voor dezelfde sequentie van aminozuren in zowel een protist als een bacterie. Uitzonderingen op deze universaliteit zijn onder andere het feit dat sommige bacteriën de sequentie UAG gebruiken om te coderen voor pyrrolysine in plaats van een stopcodon, en dat is hoe het wordt gebruikt in andere organismen. Niettemin is de code voor het grootste deel een opmerkelijke overeenkomst tussen bacteriën en protisten.

Ribosomen

Zowel bacteriën als protisten transcriberen eerst delen van hun DNA-code in RNA en vertalen dit RNA vervolgens in eiwit met behulp van complexe structuren genaamd ribosomen. Nogmaals, protisten en bacteriën delen deze overeenkomsten met alle andere bekende vormen van leven. De structuur van het ribosoom verschilt enigszins tussen bacteriën en eukaryoten zoals de protisten. Dit verschil is ook belangrijk, omdat sommige antibiotica bacteriën doden door gebruik te maken van verschillen tussen bacteriële en eukaryotische ribosomen.

Celmembranen

Zowel bacteriën als protisten hebben celmembranen gemaakt van chemische stoffen genaamd fosfolipiden. Een fosfolipide in een bacterie of een protist heeft een in water oplosbare groep aan het ene uiteinde en een in water onoplosbare staart aan het andere uiteinde, zodat de celmembranen van bacteriën en protisten zijn opgebouwd uit een dubbellaag van fosfolipiden. De staarten op beide wijzen naar het midden van de dubbellaag. Bacteriën hebben naast hun celmembraan echter ook een celwand en sommige bacteriën hebben zowel een binnen- als een buitenmembraan.

Sterk geconserveerde processen

Bacteriën en protisten delen opvallende overeenkomsten in verschillende biochemische processen die ook erg lijken op die in alle andere levensvormen. Het proces dat bacteriën en protisten gebruiken om glucose af te breken, wordt glycolyse genoemd. Hoewel er enkele variaties zijn, vindt glycolyse plaats in bijna alle bekende organismen. Evenzo is het proces van DNA-replicatie erg vergelijkbaar tussen bacteriën en protisten met enkele kleine verschillen.