Gelelektroforese is een methode die in laboratoria wordt gebruikt om strengen DNA te meten en te sorteren. Dit is nodig omdat DNA onder normale omstandigheden te klein is om te manipuleren, zelfs als het met de meeste microscopen wordt bekeken. Gelelektroforese is een relatief eenvoudige procedure en dezelfde basistechniek kan ook worden gebruikt om afzonderlijke eiwitten te scheiden.

De gelmatrix

Om te beginnen met gelelektroforese, moet u eerst de gel maken . Meestal worden gels gemaakt in dunne vellen met behulp van een stof genaamd agarose. Poedervormige agarose wordt in een kolf geplaatst, gevolgd door een zoutwateroplossing die een buffer wordt genoemd. Dit mengsel van agarose en buffer wordt verwarmd totdat de twee stoffen samen smelten en vervolgens in een vormmal worden gegoten. Een apparaat genaamd een kam wordt vervolgens aan het ene uiteinde van de mal geplaatst voordat de gel afkoelt. Wanneer de gel wordt afgekoeld, wordt de kam verwijderd, waardoor er weinig gleuven overblijven die worden gebruikt om DNA-monsters te houden.

Een speciaal kenmerk van het gekoelde agarose-mengsel (een zogenaamde gelmatrix) komt voort uit het feit dat het is gemaakt met zout water. Wanneer geëlektrificeerd, zal de matrix geleidend worden, waardoor elektriciteit langs de lengte kan stromen. Een andere speciale eigenschap van de gelmatrix is ​​de aanwezigheid van regelmatige, microscopische gaten. Deze gaten laten strengen DNA door de gelmatrix gaan en vergemakkelijken het sorteerproces.

De elektroforesekamer

De volgende stap is het maken van een elektroforesekamer. Dit is een kleine rechthoekige doos, bedraad met een positieve en negatieve elektrische aansluiting aan beide uiteinden. Kamers zijn meestal ondiep, klein genoeg om op een tafelblad te passen en gemaakt van heldere materialen zoals plexiglas.

Zoutwateroplossing wordt in de bodem van de elektroforesekamer gegoten en de gelmatrix wordt enigszins ondergedompeld in deze oplossing . Het zoute water dient twee doelen: het ondersteunen van de stroom van elektriciteit en het vochtig houden van de gelmatrix. Aangezien DNA wordt aangedreven door een negatieve lading, plaatst u uw matrix zodat uw monsters zich naast uw negatieve elektrische verbinding bevinden.

Het DNA voorbereiden

DNA-monsters worden vervolgens voorbereid. Omdat DNA in oplossing bijna niet te zien is, wordt aan elk individueel monster een kleurstof toegevoegd die laadbuffer wordt genoemd. Deze agent verdikt ook de DNA-oplossing, waardoor deze minder vloeibaar en werkbaarder wordt. Pipetteer met behulp van een pipet een monster DNA-oplossing in elke alternerende gleuf in de gelmatrix. Plaats in de lege sleuf tussen elk monster een DNA-oplossing waarvan u de lengte al kent (de zogenaamde DNA-standaard) voor controle en vergelijking van experimenten.

Schakel de voeding in

Schakel nu uw computer in elektroforese kamer. Onder negatieve energie worden uw DNA-monsters over de hele kamer gedwongen. Kleine strengen DNA zullen sneller door de gelmatrix bewegen en in een korte tijd zullen ze zich afscheiden van langere, langzamere strengen. De kleurstof in de kleurstof laat je het spoor van het DNA volgen. Je zult geen individuele strengen DNA kunnen zien, maar strengen van dezelfde lengte zullen samen klonteren.

Laatste stappen

Als het DNA uitgezocht wordt, wordt de matrix verwijderd uit de elektroforese kamer. Het DNA wordt vervolgens gekleurd om gemakkelijker metingen en onderzoek mogelijk te maken.