Er zijn twee hoofdtypen elektronenmicroscopen:

* transmissie -elektronenmicroscoop (TEM): Dit type gebruikt een bundel elektronen die door het monster wordt geleid. De elektronen die door het monster gaan, maken een afbeelding op een scherm. TEM's kunnen worden gebruikt om zeer dunne plakjes materiaal te bekijken, zoals cellen, virussen en eiwitten.

* Scanning Electron Microscope (SEM): Dit type gebruikt een bundel elektronen die over het oppervlak van het monster wordt gescand. De elektronen die terug worden gereflecteerd uit het monster worden gedetecteerd en gebruikt om een ​​afbeelding te maken. SEM's kunnen worden gebruikt om het oppervlak van objecten te bekijken, zoals metalen onderdelen, insecten en rotsen.

Elektronenmicroscopen hebben een veel hogere resolutie dan lichtmicroscopen omdat elektronen een veel kortere golflengte hebben dan licht. Hierdoor kunnen ze objecten visualiseren die veel kleiner zijn, tot het atoomniveau.

Hier is een tabel waarin de twee typen worden vergeleken:

| Feature | Lichtmicroscoop | Elektronenmicroscoop (TEM &SEM) |

| --- | --- | --- |

| resolutie | Beperkt door golflengte van licht (ongeveer 200 nm) | Veel hoger, beperkt door golflengte van elektronen (ongeveer 0,1 nm) |

| voorbeeld | Dunne plakjes of levende monsters | Vereist meestal dunne secties, maar kan worden gebruikt op vaste monsters |

| vergroting | Tot 1500x | Tot 1.000.000x |

| kosten | Relatief goedkoop | Erg duur |

| onderhoud | Relatief laag | Hoog |

Hoewel elektronenmicroscopen krachtig gereedschap zijn, hebben ze een aantal nadelen. Ze zijn duur en vereisen gespecialiseerde training om te werken. Bovendien moeten de monsters op een speciale manier worden bereid, die hun structuur kunnen veranderen.