Het ecosysteem van Florida Keys bestaat uit verschillende habitats, waaronder mangroven, koraalriffen en pinelands, die rijk zijn aan unieke soorten. Mensen maken ook deel uit van het ecosysteem en hun activiteiten beïnvloeden alle habitats en de dieren en planten die hen bewonen. Het ecosysteem van Keys bestaat uit een klein stuk land, daarom worden de effecten van menselijke activiteiten vergroot. Gevolgen zijn onder meer watervervuiling, toegenomen invasieve soorten, overbevissing, negatieve effecten van varen en stedelijke ontwikkeling en wereldwijde klimaatverandering.
Meer mensen, meer vervuiling

Menselijke bevolking van het gebied dat bekend staat als Zuidoost-Florida of de Florida Keys is van 1970 tot 2008 met meer dan 3,9 miljoen gegroeid. Oranjebossen hebben plaatsgemaakt voor woningbouw, winkelcentra, industrie en snelwegen. Deze veranderingen hebben geleid tot de vernietiging van natuurlijke habitats. Bovendien is de watervervuiling toegenomen, veroorzaakt door rioolwaterzuivering en septische overstroming en regenwater dat olie, pesticiden en zware metalen bevat ..
Meer toeristen, meer vissen

In 2010 waren er 3,8 miljoen bezoekers ", 3, [[Veel van deze bezoekers hielden zich bezig met activiteiten zoals vissen. Naast toeristen en bewoners die zich bezighouden met deze recreatieve activiteiten, is commerciële visserij een grote industrie in het gebied. Overbevissing heeft soorten in het Keys-ecosysteem uitgeput, waardoor kleinere vissen zijn achtergelaten en de interacties van het complexe voedselweb zijn veranderd.
Meer mensen, meer varen en meer negatieve effecten

Varen in het gebied heeft niet alleen geleid tot verwondingen aan zeekoeien veroorzaakt door propellers, maar propellers hebben ook grote delen van zeegras getekend. Boten lopen aan de grond en beschadigen koraalriffen terwijl ankers over deze delicate formaties schrapen. Meer dan 500 aardingen vinden elk jaar plaats in de Keys. Dit vernietigt habitat en heeft een negatieve invloed op de hele voedselketen, wat leidt tot verder soortenverlies.
Meer mensen, meer geïntroduceerde soorten en opwarming van de aarde

Terwijl mensen zich verplaatsen, brengen ze soorten uit andere gebieden met zich mee die worden vrijgegeven in het ecosysteem. Deze soorten kunnen hun intrek nemen en omdat ze geen roofdieren hebben, zeer succesvolle, out-concurrerende inheemse soorten worden en de dynamiek van het hele ecosysteem veranderen. Invasieve dieren en planten in de Florida Keys zijn onder meer de lionfish en het Guinese gras. Naast al deze lokale directe en indirecte effecten, wordt voorspeld dat de effecten van de opwarming van de aarde de wateren in het gebied met 4 tot 10 graden Fahrenheit verwarmen en de zeespiegel verhogen, waardoor mogelijk veranderingen optreden die te snel zijn voor het ecosysteem om te herstellen.