Hoewel het mogelijk is om een ​​ruwe flowcytometer te construeren met behulp van goedkope materialen zoals een mobiele telefoon en een laserpointer, zouden de nauwkeurigheid en precisie van een dergelijk apparaat zeer beperkt zijn vergeleken met een commerciële flowcytometer. Commerciële flowcytometers zijn complexe instrumenten die geavanceerde optica, elektronica en software bevatten om de fysische en chemische eigenschappen van cellen nauwkeurig te meten en analyseren. Ze zijn gekalibreerd en gevalideerd om betrouwbare en reproduceerbare resultaten te leveren.

Het helemaal opnieuw opbouwen van een doe-het-zelf-flowcytometer vereist gespecialiseerde kennis op het gebied van optica, elektronica en fluïdica, en het is onwaarschijnlijk dat het hetzelfde prestatieniveau zal bereiken als een commercieel instrument. Voor nauwkeurige en betrouwbare flowcytometriemetingen wordt over het algemeen aanbevolen een commerciële flowcytometer te gebruiken of samen te werken met een laboratorium dat er toegang toe heeft.