Woestijnen bevatten verschillende schimmels. Sommige kolonies woestijntypen kunnen miljoenen jaren leven door het ontwikkelingsproces te verlengen. Anderen creëren symbiotische relaties met andere organismen om te overleven. Woestijnschimmels kunnen in de woestijnbodem slapen totdat ze worden verstoord, en vervolgens aanvallen met giftige sporen die ernstige ziekten veroorzaken. Sommige soorten woestijnschimmels kunnen woestijndoeken beschilderen met vlekjes van heldere kleuren.
Korstmossen

Korstmossen, bekend als "pionierplanten", zijn kleine organismen die ruwe, warme en koude omgevingen en droogte kunnen verdragen. Het lichaam van een korstmos, of thallus, bestaat uit algen en schimmels die samen groeien in een symbiotische relatie. De algencellen leveren voedingsstoffen voor de schimmel en de schimmel beschermt de algen tegen atmosferische omstandigheden.

Korstmossen kunnen groeien op ongebruikelijke oppervlakken zoals zand, rotsen, aarde, dierenbotten en roestig metaal. Korstmossen groeien in een scala aan kleuren zoals tinten rood, oranje, geel, groen en bruin. Meer dan een dozijn soorten schimmels kunnen op één rots groeien.

Er zijn ongeveer 15.000 soorten korstmossen bekend. Bepaalde korstmossen zoals korstmossen (een korstachtige schimmel) kunnen honderden of duizenden jaren leven vanwege een langzame groeisnelheid. Korstmossen kunnen zich op rotsen ontwikkelen. Bepaalde korstmossen worden bedreigd omdat vervuilde lucht en regenwater algencellen kunnen vernietigen, waardoor de schimmelpartner wordt gedood.
Mycorrhizae

Mycorrhizae zijn schimmelsystemen die een symbiotische relatie met plantenwortels ontwikkelen. De wortels bieden de nodige voedingsstoffen en een plek voor de schimmels om hun draden te hechten. De schimmels beschermen de plant tegen aanvallen zoals ziekteverwekkers, en hun draden werken als een wortelsysteem om de plant te helpen extra water en voedingsstoffen te ontvangen. Zodra de relatie is ontwikkeld, kan een plant afhankelijk zijn van Mycorrhizae wanneer de voedingsstoffen worden stopgezet.

Mycorrhizae zijn onderverdeeld in twee soorten - ectomycorrhizae en endomycorrhizae. Ectomycorrhizae produceert een bedekking rond de wortels van een plant. De bedekking groeit hyfen (draadachtige bestanddelen van het lichaam van de schimmel) in de wortels en vervolgens in de grond. Endomycorrhizae draden groeien in de cellen en vervolgens in de grond. De schimmel verbetert de droogteweerstand, de immuniteit tegen ziekten en de opname van voedingsstoffen voor de waardplant.
Paddestoelen

Podaxis, of woestijnharige manen, wordt in de Sonorawoestijn en andere woestijnen over de hele wereld gevonden. Podaxis is verwant aan de schimmelsfamilie Agaricaceae. De schimmel lijkt op een puffball; "it is woody and fibrous.", 3, [[Het vruchtlichaam van de Podaxis komt na regenseizoen uit woestijngronden, zandgronden en bermen. Als er echter geen regen komt, zal het vruchtlichaam niet tevoorschijn komen. De pileus (dop) blijft tijdens het ontwikkelingsproces gesloten om het vruchtbare weefsel, de kieuwen en dubbelwandige sporen te beschermen tegen uitdroging.
Coccidioides

Het geslacht Coccidioides is een bodemschimmel bestaande uit twee soorten - Coccidioides immitis en Coccidioides posadasii. Beide soorten komen voor in de woestijngronden van Noord- en Zuid-Amerika. Elke soort creëert hyfen en sporen in de bodem. Wanneer de grond met de sporen wordt verstoord door mensen of natuurlijke aanvallen zoals stofstormen, worden de sporen in de lucht. Inademing van sporen kan een niet-besmettelijke schimmelinfectie veroorzaken, genaamd Coccidiodomycosis, of vallei koorts. In zeldzame gevallen, als talloze sporen van beide soorten worden ingeademd, kan dit fataal zijn.