Grote retailers hebben tegenwoordig 'fulfilmentcentra' om het grote aantal online bestellingen af te handelen dat ze van over de hele wereld ontvangen. Hier, in deze magazijnachtige structuren, worden individuele producten zo efficiënt mogelijk opgespoord, verpakt en naar miljoenen bestemmingen verzonden. Kleine structuren die ribosomen worden genoemd, zijn in feite de uitvoeringscentra van de cellulaire wereld, die bestellingen ontvangen voor talloze eiwitproducten van messenger ribonucleic acid (mRNA) en die producten snel en efficiënt laten assembleren en op weg zijn naar waar ze nodig zijn.

Ribosomen worden in het algemeen beschouwd als organellen, hoewel puristen uit de moleculaire biologie soms aangeven dat ze worden gevonden in prokaryoten (de meeste zijn bacteriën) en eukaryoten en missen een membraan dat hen scheidt van het inwendige van de cel, twee eigenschappen die diskwalificerend kunnen zijn . In elk geval bezitten zowel prokaryotische cellen als eukaryotische cellen ribosomen, waarvan de structuur en functie behoren tot de meer fascinerende lessen in de biochemie, vanwege het aantal fundamentele concepten dat de aanwezigheid en het gedrag van de ribosomen onderstrepen.
Waarvan zijn ribosomen gemaakt? ?

Ribosomen bestaan uit ongeveer 60 procent eiwit en ongeveer 40 procent ribosomaal RNA (rRNA). Dit is een interessante relatie gezien het feit dat een type RNA (messenger RNA of mRNA) nodig is voor eiwitsynthese of translatie. Dus in zekere zin zijn ribosomen als een dessert bestaande uit zowel ongemodificeerde cacaobonen en geraffineerde chocolade.

RNA is een van de twee soorten nucleïnezuren die in de wereld van levende wezens worden aangetroffen, de andere is deoxyribonucleïnezuur of DNA . DNA is de beruchtste van de twee en wordt vaak genoemd, niet alleen in reguliere wetenschappelijke artikelen, maar ook in verhalen over misdaad. Maar RNA is eigenlijk het veelzijdiger molecuul.

Nucleïnezuren bestaan uit monomeren, of afzonderlijke eenheden die als zelfstandige moleculen fungeren. Glycogeen is een polymeer van glucosemonomeren, eiwitten zijn polymeren van aminozuurmonomeren en nucleotiden zijn de monomeren waaruit DNA en RNA worden gemaakt. Nucleotiden bestaan op hun beurt uit een suikerdeel met vijf ringen, een fosfaatdeel en een stikstofhoudend basisdeel. In DNA is de suiker deoxyribose, terwijl het in RNA ribose is; deze verschillen alleen in zoverre dat RNA een -OH (hydroxyl) groep heeft waar DNA een -H (een proton) heeft, maar de implicaties voor de indrukwekkende reeks van RNA-functionaliteit zijn aanzienlijk. Hoewel de stikstofbase in zowel een DNA-nucleotide als een RNA-nucleotide een van de vier mogelijke typen is, zijn deze typen in DNA adenine, cytosine, guanine en thymine (A, C, G, T), terwijl in RNA uracil is gesubstitueerd voor thymine (A, C, G, U). Ten slotte is DNA bijna altijd dubbelstrengig, terwijl RNA enkelstrengig is. Het is dit verschil met RNA dat misschien het meest bijdraagt aan de veelzijdigheid van RNA.

De drie belangrijkste soorten RNA zijn het eerder genoemde mRNA en rRNA samen met transfer RNA (tRNA). Hoewel bijna de helft van de massa ribosomen uit rRNA bestaat, hebben mRNA en tRNA beiden een intieme en onmisbare relatie met zowel ribosomen als met elkaar.

In eukaryotische organismen worden ribosomen meestal aangetroffen aan het endoplasmatisch reticulum, een netwerk van membraneuze structuren die het best kunnen worden vergeleken met een snelweg of spoorwegsysteem voor cellen. Sommige eukaryotische ribosomen en alle prokaryotische ribosomen worden vrij in het cytoplasma van de cel gevonden. Individuele cellen kunnen duizenden tot miljoenen ribosomen hebben; zoals je mag verwachten, hebben cellen die veel eiwitproducten produceren (bijvoorbeeld pancreascellen) een hogere dichtheid aan ribosomen.
De structuur van ribosomen

In prokaryoten bevatten ribosomen drie afzonderlijke rRNA-moleculen, terwijl in eukaryoten omvatten ribosomen vier afzonderlijke rRNA-moleculen. Ribosomen bestaan uit een grote subeenheid en een kleine subeenheid. Aan het begin van de 21ste eeuw werd de volledige driedimensionale structuur van de subeenheden in kaart gebracht. Op basis van dit bewijs verschaft rRNA, niet eiwitten, het ribosoom zijn basisvorm en functie; biologen hadden dat al lang vermoed. De eiwitten in ribosomen helpen primair om structurele gaten op te vullen en de belangrijkste taak van het ribosoom te versterken - de synthese van eiwitten. Eiwitsynthese kan plaatsvinden zonder deze eiwitten, maar doet dit in een veel langzamer tempo.

De feitelijke massa-eenheden van ribosomen zijn hun Svedberg (S) -waarden, die zijn gebaseerd op hoe snel de subeenheden zich naar de bodem vestigen reageerbuizen onder de middelpuntzoekende kracht van een centrifuge. De ribosomen van eukaryotische cellen hebben meestal Svedberg-waarden van 80S en bestaan uit 40s en 60s subeenheden. (merk op dat S-eenheden duidelijk geen werkelijke massa's zijn; anders zou de wiskunde hier geen zin hebben.) In tegenstelling, prokaryotische cellen bevatten ribosomen die 70S bereiken, gesplitst in 30S en 50S subeenheden.

Zowel eiwitten als nucleïnezuren , elk gemaakt van soortgelijke maar niet identieke monomere eenheden, hebben een primaire, secundaire en tertiaire structuur. De primaire structuur van RNA is de ordening van afzonderlijke nucleotiden, die op hun beurt afhangen van hun stikstofbasen. De letters AUCGGCAUGC beschrijven bijvoorbeeld een tien-nucleotidenreeks van nucleïnezuur (een "polynucleotide" genoemd als het zo kort is) met de basen adenine, uracil, cytosine en guanine. De secundaire structuur van RNA beschrijft hoe de string buigt en knikt in een enkel vlak dankzij elektrochemische interacties tussen de nucleotiden. Als je een rij kralen op een tafel legt en de ketting die ze verbindt niet recht is, kijk je naar de secundaire structuur van de kralen. Ten slotte verwijst tertiaire strictuur naar hoe het hele molecuul zich in een driedimensionale ruimte rangschikt. Als je doorgaat met het voorbeeld van kralen, kun je het van de tafel pakken en in je hand in een balachtige vorm comprimeren of zelfs in een bootvorm vouwen.
Dieper in ribosomale compositie graven

Ruim voordat de geavanceerde laboratoriummethoden van vandaag beschikbaar kwamen, konden biochemici voorspellingen doen over de secundaire structuur van rRNA op basis van de bekende primaire sequentie en de elektrochemische eigenschappen van individuele basen. Was A bijvoorbeeld geneigd om met U te paren als er een voordelige knik gevormd werd die ze in de nabijheid bracht? Aan het begin van de jaren 2000 bevestigde kristallografische analyse veel van de ideeën van de vroege onderzoekers over de vorm van rRNA, waardoor meer inzicht werd verkregen in de functie ervan. De kristallografische studies hebben bijvoorbeeld aangetoond dat rRNA zowel deelneemt aan de eiwitsynthese als structurele ondersteuning biedt, net als de eiwitcomponent van ribosomen. rRNA vormt het grootste deel van het moleculaire platform waarop translatie plaatsvindt en heeft katalytische activiteit, wat betekent dat rRNA rechtstreeks deelneemt aan de eiwitsynthese. Dit heeft ertoe geleid dat sommige wetenschappers de term "ribozyme" (d.w.z. "ribosoomenzym") in plaats van "ribosoom" gebruiken om de structuur te beschrijven.

E. coli en bacteriën bieden een voorbeeld van hoeveel wetenschappers hebben kunnen leren over de ribokomale structuur van prokaryote. De grote subeenheid, of LSU, van de E. coli en ribosoom bestaat uit verschillende 5S en 23S rRNA-eenheden en 33 eiwitten, r-eiwitten genoemd voor "ribsomal". De kleine subeenheid, of SSU, omvat een 16S rRNA-deel en 21 r-eiwitten. Grof gezegd is de SSU ongeveer tweederde van de grootte van de LSU. Bovendien omvat het rRNA van de LSU zeven domeinen, terwijl het rRNA van de SSU kan worden verdeeld in vier domeinen.

Het rRNA van eukaryotische ribosomen heeft ongeveer 1.000 meer nucleotiden dan het rRNA van prokaryotische ribosomen - ongeveer 5.500 versus 4.500. Terwijl E. coli en ribosomen bevatten 54 r-eiwitten tussen de LSU (33) en de SSU (21), eukaryote ribosomen hebben 80 r-eiwitten. Het eukaryotische ribosoom bevat ook rRNA-uitbreidingssegmenten, die zowel structurele als eiwitsyntheserollen spelen.
Ribosoom Functie: Vertaling

De taak van het ribosoom is het maken van het hele scala aan eiwitten dat een organisme nodig heeft, van enzymen tot hormonen Dit proces wordt translatie genoemd en het is het derde deel van het centrale dogma van de moleculaire biologie: DNA naar mRNA (transcriptie) naar eiwit (vertaling).

De reden dat dit translatie wordt genoemd, is dat de ribosomen, links voor hun eigen apparaten, geen onafhankelijke manier hebben om te 'weten' welke eiwitten ze moeten maken en hoeveel, ondanks het feit dat ze alle benodigde grondstoffen, apparatuur en personeel hebben. Keer terug naar de analogie van het "fulfilment center", stel je voor dat een paar duizend werknemers de gangpaden en stations van een van deze enorme plaatsen vullen, rondkijken naar speelgoed en boeken en sportartikelen maar geen aanwijzingen van internet (of ergens anders) krijgen over wat Te doen. Er zou niets gebeuren, of op zijn minst niets productief voor het bedrijf.

Wat dan vertaald wordt, zijn de instructies gecodeerd in mRNA, dat op zijn beurt de code haalt uit DNA in de kern van de cel (als het organisme een eukaryoot; prokaryoten missen kernen). In het transcriptieproces wordt mRNA gemaakt van een DNA-matrijs, waarbij de nucleotiden worden toegevoegd aan de groeiende mRNA-keten die overeenkomt met de nucleotiden van de matrijs-DNA-streng op het niveau van basenparing. A in DNA genereert U in RNA, C genereert G, G genereert C en T genereert A. Omdat deze nucleotiden in een lineaire volgorde verschijnen, kunnen ze worden opgenomen in groepen van twee, drie, tien of een willekeurig aantal. Het is namelijk zo dat een groep van drie nucleotiden op een mRNA-molecuul voor specificiteitsdoeleinden een codon of "triplet-codon" wordt genoemd. Elk codon bevat de instructies voor een van de 20 aminozuren, die u zich zult herinneren zijn de bouwstenen van eiwitten. AUG, CCG en CGA zijn bijvoorbeeld allemaal codons en bevatten de instructies voor het maken van een specifiek aminozuur. Er zijn 64 verschillende codons (4 basen verhoogd tot de macht van 3 is 64) maar slechts 20 aminozuren; als gevolg hiervan worden de meeste aminozuren gecodeerd door meer dan één triplet en een paar aminozuren worden gespecificeerd door zes verschillende tripletcodons.

Eiwitsynthese vereist nog een ander type RNA, tRNA. Dit type RNA brengt de aminozuren fysiek naar het ribosoom. Een ribosoom heeft drie aangrenzende tRNA-bindingsplaatsen, zoals gepersonaliseerde parkeerplaatsen. Een daarvan is de aminoacyl-bindingsplaats, die voor het tRNA-molecuul is bevestigd aan het volgende aminozuur in het eiwit, dat wil zeggen het binnenkomende aminozuur. De tweede is de peptidyl-bindingsplaats, waar het centrale tRNA-molecuul dat de groeiende peptideketen bevat, hecht. De derde en laatste is een exit-bindingsplaats, waar gebruikt, worden nu lege tRNA-moleculen uit het ribosoom afgevoerd.

Zodra aminozuren zijn gepolymeriseerd en een eiwitskelet is gevormd, wordt het ribosoom geeft het eiwit vrij, dat vervolgens in prokaryoten naar het cytoplasma en in eukaryoten naar de Golgi-lichamen wordt getransporteerd. De eiwitten worden vervolgens volledig verwerkt en vrijgegeven, zowel binnen als buiten de cel, omdat alle ribosomen eiwitten produceren voor zowel lokaal als verafgelegen gebruik. Ribosomen zijn zeer efficiënt; een enkele in een eukaryotische cel kan elke seconde twee aminozuren toevoegen aan een groeiende eiwitketen. In prokaryoten werken ribosomen in een haast hectisch tempo, waardoor elke seconde 20 aminozuren aan een polypeptide worden toegevoegd. in de mitochondriën bij dieren en de chloroplasten van planten. Deze ribosomen zijn zeer verschillend in grootte en samenstelling van andere ribosomen die in deze cellen worden aangetroffen en luisteren naar de prokaryotische ribosomen van bacteriële en blauwgroene algencellen. Dit wordt beschouwd als redelijk sterk bewijs dat mitochondria en chloroplasten zijn voortgekomen uit voorouderlijke prokaryoten.