De Middellandse Zee wordt omringd door 20 landen met meer dan 400 miljoen mensen in de omliggende regio's. Alle dieren in de Middellandse Zee worden echter om verschillende redenen ernstig bedreigd. Dit omvat overbevissing en een aantal vissen die worden gedood als onbedoelde bijvangst, waaronder ook walvissen en dolfijnen. Bovendien is menselijke activiteit in het gebied verantwoordelijk voor het onderwerpen van botsingen met schepen, habitatvernietiging, geluidsoverlast en vervuiling veroorzaakt door kunststoffen en chemicaliën.
Loggerhead Turtles

De vleesetende karetschildpad is de meest mediterrane van de Middellandse Zee gewone schildpad. Een van de grootste van de Chelonia-zeeschildpadden, de roodbruine loggerhead draagt meer van de korstende organismen, zoals zeepokken, op zijn schaal dan andere zeeschildpadden. Het is bekend dat de karetschildpadden zeer migrerend enkele van de langste reizen van alle soorten zeeschildpadden hebben gemaakt. Doordat ze migreren, zijn de schildpadden onderworpen aan onbedoelde vangst in de netten van de wereldvisserij.
Haaien en roggen

Verschillende soorten haaien en roggen zijn te vinden in de Middellandse Zee. Dit omvat de shortfin mako-haai (Isurus oxyrinchus), de probeagle-haai (Lamna nasus), de gigantische duivelstraal (Mobula mobular) en de Maltese rog die de zeebodem omhult, ook bekend als de Maltese skate (Leucoraja melitensis). Volgens de National Geographic-website behoort de grote witte haai (Carcharodon carcharias) echter tot de 30 soorten haaien en roggen die met uitsterven worden bedreigd.
Mediterrane monniksrob

De mediterrane monniksrob (Monachus monachus) ) is een van de zeldzaamste dieren op aarde. De zeehond heeft een uniform bruin lichaam met een onderste onderkant die geelachtig wit is. De naam van het zegel komt van het feit dat de kleur lijkt op die van de gewoonte van een monnik. Monniksrobben wegen tot 400 pond en leven tussen de 20 tot 30 jaar. Het dieet bestaat uit octopus, weekdieren en vis. De monniksrob is volgens de World Wildlife Federation de meest bedreigde soort van de vinvoet en er zijn er waarschijnlijk minder dan 400 op aarde.
Walvissen en dolfijnen

Er worden ongeveer 20 verschillende soorten walvissen en dolfijnen gevonden in de Middellandse Zee met acht soorten bewoners. Dit omvat de potvis, orka, tuimelaar en de gewone dolfijn. De gewone dolfijn, ooit de meest voorkomende soort dolfijn in de Middellandse Zee, is nu geclassificeerd als bedreigd, volgens de Whales and Dolphins Conservation Society.
Zeevis

Zeevis in de Middellandse Zee omvat commerciële soorten zoals zeebaars, (Dicentrarchus labrax), heek ((Merluccius merluccius), blauwe vintonijn (Thunnus thynnus) en schemerige grouper (Epinephelus marginatus). De vissen worden echter allemaal met uitsterven bedreigd, volgens de International Union for Conservation of Nature website Er zijn meer dan 40 soorten zeevis in de Middellandse Zee die de komende jaren kunnen verdwijnen met 12 soorten beenvissen die ook met uitsterven worden bedreigd.
Kogelvis

De giftige kogelvis (Lagocephalus sceleratus) is een van de meer dan 900 soorten uitheemse vissen die de laatste decennia zijn gevonden in de kustgebieden van de oostelijke Middellandse Zee. De invasie verandert de hele voedselketen, volgens de Phy sorg website. De voltooiing van het Suezkanaal in 1869 creëerde een gang die de verspreiding van uitheemse soorten in de Middellandse Zee mogelijk maakte. De impact van uitheemse soorten staat bekend als biologische besmetting.