Honduras is het op een na grootste land in Midden-Amerika, dat zich uitstrekt over de landengte van het Caribisch gebied tot de Stille Oceaan. Ondanks de agressieve ontbossing, heeft Honduras nog steeds meer bebost gebied dan de meeste andere landen in de regio. Verschillende soorten bossen domineren het landschap, inclusief nevelwoud, dennenbos, regenwoud en mangroven. Planten- en diersoorten zijn rijk aan de diverse bosecosystemen van Honduras, waaronder soorten die zijn verdwenen uit de rest van de regio.

Zoogdieren

Meer dan 200 zoogdiersoorten worden gevonden in de bossen van Honduras. Vleermuizen (Chiroptera) zijn goed voor bijna de helft van de zoogdieren in het land met 98 bekende soorten die elk bosecosysteem bezetten. De iconische jaguar (Panthera onca) is een van de zeldzaamste soorten in heel Midden-Amerika. Meest voorkomend in mangrovegebieden, zijn jaguars een bedreigde soort in Honduras. West-Indische zeekoeien (Trichechus manatus), ooit gebruikelijk langs de Caribische kust van Honduras, zijn nu slechts zelden te zien in afgelegen mangrovegebieden. Het nationale dier van Honduras, het witstaarthert (Odocoileus virginianus), is de grootste hertensoort in het land. Meestal te zien in de laaglanden en dennenbossen, de Witstaarthert is een beschermde soort. Er is ook een grote verscheidenheid aan apen te vinden in Honduras, waaronder de witkopige kapucijn (Cebus capucinus), de Mexicaanse spinaap (Ateles geoffroyi vellerosus) en de met goud bedekte brulaap (Alouatta palliata palliata).

Vogels

Honduras heeft een uitzonderlijk rijke diversiteit aan vogelsoorten. Er zijn 18 papegaaiensoorten, waaronder de oranje-chinned parkiet (Brotogeris jugularis), de grote groene ara (Ara ambigua), de Pacific parakeet (Aratinga strenua) en de scharlaken ara (Ara macao), de nationale vogel van Honduras. Gevonden in hooggelegen tropische bossen, is de zwart-afgedekte zwaluw (Notiochelidon pileata) een trekvogel die veel voorkomt in Honduras. De kastanje-mandibled toekan (Ramphastos swainsonii) is een frequent zicht in de kustvlakte bossen van Honduras. Bekend om hun felgekleurde gezicht en overdreven snavel, worden ze soms als huisdier bewaard, ondanks dat ze een beschermde soort zijn.

Bomen

Elk bosecosysteem heeft een sluitertype, wat betekent dat één soort het bos definieert type. In Honduras duiden zwarte mangrovebomen (Avicennia germinans) en mangrovebomen (Rhizopora-mangel) de grenzen van het mangrove-ecosysteem aan. Mahonie (Swietenia macrophylla) bomen worden soms vermengd met mangrove soorten op het droge, wat het begin aangeeft van de pijnboombossen aan de kust. Hondurasden (Pinus caribaea var. Hondurensis) en ocote den (Pinus oocarpa) zijn de enige twee soorten pijnbomen in het land, hoewel ze grote stukken van laaglandbos domineren. Een van de meest indrukwekkende bomen in Honduras is de ceiba (Ceiba pentandra). Soms wordt het Kapok genoemd, het is een enorme boom die 250 voet hoog kan worden met een stam van 10 voet diameter.

Bloeiende planten

Wetenschappers schatten dat er meer dan 5000 soorten planten zijn in Honduras. Bloeiende planten zijn er in de meeste delen van het land, waar ze voedsel bieden voor insecten en vogelsoorten. Een van de meest productieve plantensoorten in Honduras is salie (Salvia). Perziksalie (Salvia dorisiana), Karwinski's wijze (S. karwinskii) en blauwe wijnstoksalie (Salvia cacaliifolia) zijn alle struikachtige, overblijvende soorten die gedijen in de koele, bergachtige bossen van centraal Honduras. Ooit een voedselbron voor inheemse volkeren, is gele lotus (Nelumbo lutea) een van de weinige bloeiende planten gevonden in de mangrovebossen. Bekend om zijn gele bekervormige bloemen, wordt het vaak geteeld in watertuinen als sierplant.