Stromatolieten worden gevormd door het vangen, binden en cementeren van sedimentkorrels door microbiële matten, voornamelijk cyanobacteriën. Deze matten groeien in ondiepe, warme, zoutoplossing en produceren een plakkerige laag slijm dat sediment vangt. Na verloop van tijd bouwen deze lagen zich op en vormen ze de onderscheidende gelaagde structuren die kenmerkend zijn voor stromatolieten.