naar het oosten:

* Caribische Zee: Deze grote zee vormt de oostelijke grens van Mesoamerica.

* Golf van Mexico: De Golf van Mexico ligt ten oosten van Mesoamerica, grenzend aan het schiereiland Yucatan.

naar het westen:

* Stille Oceaan: De Stille Oceaan vormt de westelijke grens van Mesoamerica.

Binnen Mesoamerica:

* Lake Nicaragua: Dit is het grootste meer in Midden -Amerika, gelegen in Nicaragua.

* Lake Atitlán: Dit prachtige meer ligt in Guatemala, omgeven door vulkanen.

* Lake Izabal: Dit grote meer ligt in Guatemala, verbonden met de Caribische Zee door een korte rivier.

* Lake Chapala: Dit is het grootste meer in Mexico, gelegen in de staat Jalisco.

* Lake Texcoco: Dit meer, nu meestal leeg, was historisch belangrijk voor de Azteekse beschaving.

Mesoamerica heeft ook een aantal rivieren, waaronder de Usumacinta -rivier, de rivier de Grijalva, de Motagua -rivier en de rivier de San Juan.