Wanneer langs de kust viskwekerijen worden gebouwd, kan afval in het omringende water terechtkomen. Dit kan onder meer niet-opgegeten voedsel, uitwerpselen en ander organisch materiaal zijn. Dit kan het water vervuilen en het milieu schaden, waaronder schade aan koraalriffen en het doden van vissen.

Om de vervuiling door viskwekerijen terug te dringen, kunnen een aantal maatregelen worden genomen, waaronder:

- Het gebruik van een gesloten insluitingssysteem, dat voorkomt dat afval in het milieu terechtkomt

- Gebruik van filters en andere behandelingssystemen om afval uit het water te verwijderen

- Regelmatig de viskwekerij schoonmaken en afval verwijderen

- Voer gebruiken dat speciaal is ontworpen om gemakkelijk verteerbaar te zijn en minder afval te produceren