Ja, waterstof is een niet-vervuilende brandstof als het wordt geproduceerd en gebruikt op een manier waarbij er geen schadelijke stoffen in het milieu terechtkomen. Wanneer waterstof wordt verbrand in een brandstofcel of wordt gebruikt als brandstof in een verbrandingsmotor, reageert het met zuurstof om water en warmte te produceren. De enige uitstoot bij dit proces is waterdamp, die onschadelijk is voor het milieu. Wanneer fossiele brandstoffen zoals benzine of diesel daarentegen worden verbrand, komen er schadelijke verontreinigende stoffen vrij zoals koolmonoxide, stikstofoxiden en fijnstof, die kunnen bijdragen aan luchtvervuiling en klimaatverandering. Het is echter belangrijk op te merken dat de milieu-impact van waterstof afhangt van de methode die wordt gebruikt om het te produceren. Als waterstof wordt geproduceerd uit hernieuwbare energiebronnen zoals zonne- of windenergie, wordt het beschouwd als een echt schone en duurzame brandstof. Als waterstof echter wordt geproduceerd uit fossiele brandstoffen via een proces dat bekend staat als stoomreforming, kan dit nog steeds resulteren in de uitstoot van broeikasgassen, hoewel lager dan die van de directe verbranding van fossiele brandstoffen.