Vernietiging van leefgebied :De bouw van dammen en reservoirs voor waterkracht kan resulteren in het verlies van leefgebied voor vissen, planten en andere dieren in het wild. Dit kan ecosystemen ontwrichten en een achteruitgang van de biodiversiteit veroorzaken. De bouw van de Drieklovendam in China wordt bijvoorbeeld in verband gebracht met de achteruitgang van verschillende vissoorten, waaronder de Chinese steur.

Fragmentatie van rivieren: Dammen kunnen rivieren versnipperen, waardoor vissen en andere waterorganismen niet stroomopwaarts en stroomafwaarts kunnen bewegen. Dit kan migratiepatronen verstoren en het voor soorten moeilijk maken zich voort te planten en te overleven. De aanleg van de Glen Canyon Dam in de Colorado-rivier heeft bijvoorbeeld de migratie van verschillende vissoorten geblokkeerd, waaronder de bultrugkopvoorn en de Colorado-snoekbaars.

Veranderingen in watertemperatuur en -stroming: De werking van hydro-elektrische dammen kan de watertemperatuur en de stroming van rivieren onder de dammen veranderen. Dit kan een negatief effect hebben op aquatische ecosystemen en de soorten die daarvan afhankelijk zijn. Het vrijkomen van koud water uit dammen kan bijvoorbeeld schadelijk zijn voor vissen en andere waterorganismen die zijn aangepast aan warmere temperaturen.

Broeikasgasemissies: Waterkrachtcentrales kunnen tijdens hun constructie en exploitatie broeikasgassen uitstoten, zoals methaan en koolstofdioxide. Deze gassen dragen bij aan de klimaatverandering en kunnen negatieve gevolgen hebben voor de menselijke gezondheid en het milieu. Er is bijvoorbeeld gebleken dat het reservoir achter de Drieklovendam methaan uitstoot, een krachtig broeikasgas.

Sociale en economische gevolgen: De bouw van hydro-elektrische dammen kan sociale en economische gevolgen hebben voor lokale gemeenschappen. Deze gevolgen kunnen bestaan ​​uit de verdrijving van mensen uit hun huizen, het verlies van middelen van bestaan ​​en veranderingen in culturele praktijken. De bouw van de Sardar Sarovar-dam aan de Narmada-rivier in India heeft bijvoorbeeld duizenden mensen ontheemd en aanzienlijke sociale en economische ontwrichting veroorzaakt.