Voedselschaarste: Ethanol wordt voornamelijk geproduceerd uit maïs, suikerriet of andere gewassen. Het omleiden van deze gewassen om ethanol te produceren kan leiden tot een stijging van de voedselprijzen en tekorten, vooral in ontwikkelingslanden waar voedselzekerheid al een uitdaging is.

Ontbossing: De toegenomen vraag naar biobrandstofgewassen kan tot ontbossing leiden, omdat meer land wordt omgezet in landbouw voor de productie van ethanol. Ontbossing kan talloze negatieve gevolgen hebben voor het milieu, waaronder verlies van biodiversiteit, bodemerosie en klimaatverandering.

Watervervuiling: De productieprocessen van ethanol verbruiken aanzienlijke hoeveelheden water, en de afvoer van ethanolfabrieken kan chemicaliën, meststoffen en organisch materiaal bevatten, die waterbronnen kunnen vervuilen en aquatische ecosystemen kunnen aantasten.

Biodiversiteitsverlies: De omzetting van natuurlijke habitats in landbouwgrond voor de productie van ethanol kan resulteren in het verlies van biodiversiteit, omdat natuurlijke ecosystemen worden vervangen door monoculturen van biobrandstofgewassen. Dit verlies aan biodiversiteit kan ecosysteemfuncties verstoren en de veerkracht van het milieu verminderen.

Concurrentie met voedselproductie: Het gebruik van gewassen, vooral maïs, om ethanol te produceren, leidt land en hulpbronnen af ​​van de voedselproductie. Dit kan leiden tot een grotere concurrentie om land, water en meststoffen tussen de voedsel- en brandstofsector, waardoor de voedselkosten stijgen en voedselonzekerheid ontstaat.

Aantasting van het milieu: Het proces van het produceren van ethanol uit biomassa vereist aanzienlijke energie-inputs, inclusief het gebruik van fossiele brandstoffen. Dit kan leiden tot een verhoogde uitstoot van broeikasgassen en bijdragen aan de klimaatverandering. Bovendien kan het transport en de opslag van ethanol ook negatieve gevolgen hebben voor het milieu.

Economische problemen: De productie van ethanol kan zwaar worden gesubsidieerd door overheden, wat leidt tot verstoring van de landbouwmarkten en mogelijke negatieve gevolgen voor kleinschalige boeren.

Luchtkwaliteit: De verbranding van met ethanol gemengde benzine kan resulteren in een verhoogde uitstoot van stikstofoxiden en andere luchtverontreinigende stoffen, wat bijdraagt ​​aan een slechte luchtkwaliteit.