Hoewel we meer specifieke termen kunnen gebruiken zoals:

* isotopen: Atomen van hetzelfde element met hetzelfde aantal protonen maar verschillende aantallen neutronen.

* ionen: Atomen die elektronen hebben gewonnen of verloren, waardoor ze een positieve of negatieve lading hebben.

De meest fundamentele manier om atomen van verschillende elementen te beschrijven, is eenvoudig door te stellen dat het verschillende soorten atomen zijn . Dit benadrukt het kernverschil dat hen verschillend maakt:ze hebben een ander aantal protonen in hun kern, die hun atoomnummer en dus hun element definieert.