* chlorofyl a: Dit is het primaire fotosynthetische pigment dat in alle algen en planten wordt gevonden. Het absorbeert sterk in de blauwe en rode gebieden van het lichtspectrum, wat groen licht weerspiegelt.

* chlorofyl B: Dit pigment absorbeert licht in de blauwe en oranje gebieden van het spectrum en reflecteert geelgroen licht.

* carotenoïden: Deze pigmenten absorberen licht in de blauwgroene en violette gebieden van het spectrum, die geel, oranje en rood licht reflecteren. Voorbeelden zijn bèta-caroteen, die wortels hun oranje kleur geeft, en fucoxanthine, die bruine algen hun kleur geeft.

* phycobilins: Deze pigmenten zijn in water oplosbaar en worden gevonden in rode algen en cyanobacteriën. Ze absorberen licht in de groene en gele gebieden van het spectrum en reflecteren rood en blauw licht. Voorbeelden zijn phycoerythrine (rood) en phycocyanine (blauw).

De specifieke combinatie van pigmenten varieert afhankelijk van het type algen. Groene algen hebben bijvoorbeeld grote hoeveelheden chlorofyl A en B, terwijl rode algen hogere hoeveelheden phycoerythrine hebben.

Met deze pigmenten kan algen lichte energie absorberen over een breder bereik van golflengten, waardoor hun fotosynthetische efficiëntie wordt gemaximaliseerd. Ze helpen algen ook zich aan te passen aan verschillende lichtomgevingen. Rode algen kunnen bijvoorbeeld gedijen in diepere wateren waar blauw licht overvloediger is.