* element: Een molecuul bestaande uit slechts één type atoom wordt beschouwd als een element. Zuurstofgas (O₂) is bijvoorbeeld een molecuul, maar het is ook een element omdat het bestaat uit alleen zuurstofatomen.

* verbinding: Een molecuul bestaande uit twee of meer verschillende soorten atomen wordt beschouwd als een compound. Water (H₂o) is bijvoorbeeld een molecuul en een verbinding omdat het is gemaakt van waterstof- en zuurstofatomen.

Samenvattend: Het belangrijkste verschil is het aantal verschillende soorten atomen die het molecuul vormen.