Eén terechte kritiek op de structurele functionele benadering is dat deze de neiging heeft de harmonie en stabiliteit van de samenleving te veel te benadrukken en de rol van conflict en verandering te bagatelliseren. De benadering gaat ervan uit dat de samenleving een goed geïntegreerd systeem is waarin elk onderdeel bijdraagt ​​aan het algehele functioneren van het geheel. Dit kan leiden tot een verwaarlozing van de manieren waarop verschillende groepen en belangen in de samenleving met elkaar in conflict kunnen komen, en van het potentieel voor sociale verandering en transformatie.

Door zich te concentreren op de functionele bijdragen van verschillende sociale instellingen en praktijken, kan het structureel functionaliteitisme de manieren over het hoofd zien waarop deze structuren ook ongelijkheid, onderdrukking en sociale onrechtvaardigheid kunnen bestendigen. Het kan mislukken om rekening te houden met de ervaringen en perspectieven van gemarginaliseerde groepen en individuen die mogelijk niet profiteren van of niet goed worden bediend door de bestaande sociale orde.

Bovendien kan de aanpak worden bekritiseerd omdat deze te deterministisch is, wat impliceert dat sociale structuren en instituties een vast en onveranderlijk doel hebben. Dit kan voorbijgaan aan de dynamische en evoluerende aard van sociale systemen, evenals aan de keuzevrijheid en creativiteit van individuen en groepen bij het vormgeven van hun eigen sociale realiteit.