Ja, alle atomen met hetzelfde aantal protonen behoren tot hetzelfde element. Het aantal protonen in een atoom wordt het atoomnummer genoemd en is wat het element definieert. Alle atomen met één proton zijn bijvoorbeeld waterstofatomen, alle atomen met twee protonen zijn heliumatomen, enzovoort.

Het aantal neutronen in een atoom kan variëren, waardoor er verschillende isotopen van een element ontstaan. Isotopen hebben hetzelfde aantal protonen en elektronen, maar ze hebben een verschillend aantal neutronen. Er zijn bijvoorbeeld drie natuurlijk voorkomende isotopen van waterstof:protium, deuterium en tritium. Protium heeft één proton en geen neutronen, deuterium heeft één proton en één neutron, en tritium heeft één proton en twee neutronen.