Materialen kunnen de kern binnenkomen en verlaten via nucleaire poriën, dit zijn grote eiwitcomplexen die de nucleaire envelop omspannen. Deze poriën maken het transport mogelijk van moleculen zoals eiwitten, RNA en DNA tussen de kern en het cytoplasma.

Het nucleaire poriecomplex (NPC) is een zeer georganiseerde structuur die bestaat uit meerdere eiwitten die nucleoporines worden genoemd. Deze eiwitten vormen een kanaal door de nucleaire envelop dat de doorgang van moleculen mogelijk maakt. De NPC is ook verantwoordelijk voor het reguleren van het transport van moleculen in en uit de kern.

Moleculen die de kern moeten binnenkomen of verlaten, worden door dragereiwitten door de NPC getransporteerd. Deze eiwitten binden zich aan de moleculen en dragen ze door het kanaal. Het transport van moleculen door de NPC is een actief proces dat energie vereist.

De NPC is ook verantwoordelijk voor het voorkomen van het binnendringen van schadelijke stoffen in de kern. Het doet dit door selectief bepaalde moleculen door te laten terwijl andere worden geblokkeerd. Dit proces is belangrijk voor het behoud van de integriteit van de cel.