Eiwitten functioneren niet op zichzelf, en hun interacties met andere eiwitten bepalen hun cellulaire functies. Daarom, gedetailleerd begrip van eiwit-eiwitinteracties (PPI's) is de sleutel voor het ontcijferen van de regulatie van cellulaire netwerken en routes. Deze complexe netwerken van stabiele en voorbijgaande associaties kunnen worden bestudeerd door middel van affiniteitszuiveringsmassaspectrometrie (AP-MS) en complementaire op nabijheid gebaseerde labelingsmethoden zoals BioID.

In een studie gepubliceerd in Natuurcommunicatie , een onderzoeksteam onder leiding van Dr. Markku Varjosalo aan de Universiteit van Helsinki ontwikkelde een geoptimaliseerde en geïntegreerde aanpak die AP-MS en BioID combineert in een enkele workflow. Naast het benutten van de voordelen van beide strategieën, de auteurs laten zien dat hun aanpak identificatie en kwantificering van eiwit-eiwit-interacties en eiwitcomplex-stoichiometrieën mogelijk maakt, identificatie van tijdelijke of nabije interacties met BioID, visualisatie van het aas-eiwit en de proximale interactoren met immunofluorescentiemicroscopie, en het definiëren van de moleculaire context met MS-microscopie met behulp van de referentiegegevensset die is verkregen door het identificeren van proximale interactoren voor bonafide subcellulaire lokalisatiemarkers.

De auteurs laten zien dat MS-microscopie het mogelijk maakt om het bestudeerde eiwit toe te wijzen aan de juiste cellulaire of zelfs subcellulaire locatie in een nog hogere resolutie dan met confocale microscopie. "Deze studie is een continuüm van onze rigoureuze inspanningen bij het ontwikkelen van nieuwe systeembiologische hulpmiddelen voor het bestuderen van de moleculaire interacties gevormd door eiwitten. We hebben eerder bewezen dat AP-MS een zeer reproduceerbare methode is, die ook geschikt is voor grootschalige en interlaboratoriumstudies", Dr. Varjosalo zegt. "Onze nieuw ontwikkelde geïntegreerde workflow en de referentie-moleculaire context-proteoomkaart, maakt een gemakkelijke manier mogelijk om de moleculaire lokalisatie van (veel) eiwitten te onderzoeken. De ontwikkelde MAC-tag en de geïntegreerde aanpak moeten versterken, niet alleen de interactie proteomics gemeenschap, maar ook cel, moleculaire en structurele biologen, met een experimenteel bewezen geïntegreerde workflow voor het gedetailleerd in kaart brengen van de fysieke en functionele interacties en de moleculaire context van eiwitten in menselijke cellen."