Neutrofiele en acidofiele heterotrofe bacteriën vormen de meerderheid van de soorten bacteriën. De termen "neutrofiel" en "acidofiel" verwijzen naar het optimale niveau van pH van bacteriesoorten - een maat voor de zuurgraad of basiciteit van een stof. Azijn meet bijvoorbeeld als zuur en bakpoeder als basis. De pH-schaal varieert van 0 tot 14, met 7, de pH van zuiver water, precies in het midden.

Neutrofiele heterotrofen

De meeste bacteriën, neutrofielen, leven in de bodem of in water en groeien het best bij een neutrale pH tussen 6 en 8. Als de pH te ver buiten dit bereik varieert, kunnen neutrofiele bacteriën niet overleven. De meeste bacteriën die ziekten bij de mens veroorzaken, zijn ook neutrofiele heterotrofen, goed geschikt om te overleven in een menselijk lichaam.

Acidofiele heterotrofen

Acidofiele bacteriën groeien beter bij lagere pH-waarden, meestal onder een pH van 6, omdat ze biologische mechanismen hebben die hen in staat stellen hun interne pH in de buurt van neutraal te houden. Zuurmijnenafvoer - de verontreinigde, zeer zure afvoer van mijngebieden - bevat een grote populatie acidofielen die het sulfide uit metaalerts oxideren. Volgens het Science Education Resource Centre aan het Carleton College, vertoonde het acidophile Ferroplasma in zure mijnafvoer pH-waarden zo laag als nul.

Obligately Acidophilic Heterotrophs

Obligate acidophiles vereisen een lage pH, hieronder 4 of 5, om te overleven. Het celmembraan van obligaat acidophiles lost eigenlijk op bij neutrale pH-niveaus, waardoor celdood ontstaat. Veel obligaat acidophiles zijn ook thermofielen - organismen die het beste groeien bij hoge temperaturen - en vaak worden aangetroffen in vulkanische gronden. Thiobacillus ferrooxidans is waarschijnlijk de meest bestudeerde ijzeroxiderende acidofiele bacterie.