* Lichtmicroscoop: Dit is het meest voorkomende type microscoop. Het gebruikt zichtbaar licht om het monster te verlichten, dat wordt vergroot door een reeks lenzen. Lichtmicroscopen kunnen objecten tot 1500 keer hun werkelijke grootte vergroten.

* Elektronenmicroscoop: Dit type microscoop gebruikt een elektronenstraal in plaats van licht om het monster te verlichten. Dit zorgt voor een veel hogere vergroting en resolutie dan lichte microscopen, waardoor tot 100.000 keer vergroting wordt bereikt. Er zijn twee hoofdtypen elektronenmicroscopen:

* transmissie -elektronenmicroscoop (TEM): Dit type verzendt een bundel elektronen door het monster, waardoor een 2D -afbeelding ontstaat.

* Scanning Electron Microscope (SEM): Dit type scant het monster met een bundel elektronen, waardoor een 3D -beeld van het oppervlak ontstaat.

Zowel licht- als elektronenmicroscopen zijn essentiële hulpmiddelen voor het bestuderen van microscopische organismen, maar elk heeft zijn eigen voor- en nadelen. Lichtmicroscopen zijn relatief goedkoop en gemakkelijk te gebruiken, terwijl elektronenmicroscopen veel duurder zijn en gespecialiseerde training vereisen.