* geen kern: Prokaryotische cellen hebben, in tegenstelling tot eukaryotische cellen, geen membraangebonden kern om hun DNA te huisvesten. Het genetische materiaal van cyanobacteriën bevindt zich in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd, dat niet door een membraan van de rest van de cel wordt gescheiden.

* Geen membraangebonden organellen: Prokaryotische cellen missen ook andere membraangebonden organellen die gebruikelijk zijn in eukaryoten, zoals mitochondriën, Golgi-apparaat, endoplasmatisch reticulum en lysosomen. Cyanobacteriën hebben gespecialiseerde structuren in hun cellen, maar deze zijn niet ingesloten door membranen zoals organellen in eukaryotische cellen.

* eenvoudige celstructuur: Over het algemeen hebben cyanobacteriën een veel eenvoudiger cellulaire structuur dan eukaryotische cellen. Hun DNA is cirkelvormig en ze hebben een enkel, cirkelvormig chromosoom.

Aanvullende overwegingen:

* fotosynthese: Hoewel cyanobacteriën fotosynthetisch zijn, zijn ze geen planten. Ze voeren fotosynthese uit met chlorofyl en andere pigmenten, maar ze missen de chloroplasten die planten gebruiken voor dit proces.

* evolutionaire geschiedenis: Men denkt dat cyanobacteriën een van de oudste vormen van leven op aarde zijn, dat vóór de evolutie van eukaryotische cellen vóór de evolutie van eukaryotische cellen.

Samenvattend: Cyanobacteriën worden geclassificeerd als prokaryoten omdat hun cellulaire structuur een echte kern en andere membraangebonden organellen mist, kenmerken die prokaryoten definiëren.