Dit is waarom:

* Traditionele classificatie: Vóór het begrip van prokaryote -diversiteit waren de twee hoofdcategorieën planten en dieren . Dit systeem, gebaseerd op zichtbare kenmerken, was niet voldoende rekening met micro -organismen.

* Five-Kingdom-systeem: Het vijf-Kingdom-systeem (Monera, Protista, Fungi, Plantae, Animalia) werd in 1969 voorgesteld door Robert Whittaker. Het herkende prokaryoten als een afzonderlijk koninkrijk, Monera . Het heeft echter nog steeds niet volledig de immense diversiteit binnen prokaryoten vastgelegd.

* driedomain-systeem: Carl Woese, gebaseerd op ribosomale RNA-analyse, stelde het driedomain-systeem voor in 1977. Dit systeem erkende dat prokaryoten zo fundamenteel verschillen van eukaryoten dat ze moeten worden gescheiden in twee verschillende domeinen: bacteriën en archaea . Eukaryoten vormen het derde domein, eukarya .

De ontwikkeling van het domeinniveau zorgde voor een meer accurate weergave van de evolutionaire relaties tussen alle levensvormen. Dit classificatieschema erkent de enorme diversiteit binnen prokaryoten en erkent hun unieke evolutionaire geschiedenis.