* Celtype: Verschillende celtypen hebben verschillende functies en vereisen daarom verschillende eiwitten. Een spiercel zal bijvoorbeeld veel eiwitten hebben die bij contractie betrokken zijn, terwijl een zenuwcel veel eiwitten zal hebben bij signalering.

* organisme: Verschillende organismen hebben verschillende niveaus van complexiteit en hun cellen zullen verschillende aantallen eiwitten bevatten.

* Omgevingsfactoren: De omgeving waarin een cel leeft, kan ook invloed hebben op het aantal en het type eiwitten dat het produceert.

Een typische menselijke cel kan echter 10.000 tot 20.000 verschillende soorten eiwitten bevatten. Dit is een verbluffend aantal, gezien het feit dat het menselijke genoom slechts ongeveer 20.000 genen bevat. Dit komt door processen zoals alternatieve splicing, waardoor een enkel gen kan coderen voor meerdere eiwitten.

Het is belangrijk op te merken dat dit slechts schattingen zijn, en het werkelijke aantal eiwitypen in een cel kan sterk variëren. Bovendien kan het aantal eiwitmoleculen van elk type ook sterk variëren en deze variatie is belangrijk voor de functie van de cel.