1. Bacteriën: Dit zijn eencellige organismen zonder een kern (prokaryoten). Ze zijn overal te vinden, van grond tot het menselijk lichaam. Veel bacteriën zijn gunstig, maar sommigen kunnen ziekten veroorzaken.

2. Archaea: Net als bacteriën zijn dit ook eencellige prokaryoten. Ze gedijen vaak in extreme omgevingen zoals Hot Springs of zoute meren.

3. Fungi: Deze organismen kunnen eencellig zijn (zoals gisten) of meercellig (zoals paddestoelen). Ze zijn belangrijke ontleders en spelen een rol bij de voedselproductie (zoals brood en kaas).

4. Virussen: Dit worden niet beschouwd als levende organismen, omdat ze een gastheercel nodig hebben om zich te voortplanten. Ze kunnen verschillende ziekten veroorzaken, maar sommige virussen worden gebruikt in biotechnologie en geneeskunde.

5. Protisten: Dit is een diverse groep voornamelijk eencellige eukaryoten (organismen met een kern). Ze omvatten algen, amoebas en slijmvormen.

6. Helminths: Dit zijn parasitaire wormen, zoals lintwormen en rondwormen.

Hoewel er veel soorten microben zijn, zijn de "belangrijkste" afhankelijk van de context. In termen van menselijke gezondheid zijn bacteriën, virussen en schimmels bijvoorbeeld vaak de focus. In het milieu spelen bacteriën, archaea en schimmels cruciale rollen in ontleding en voedingscycli.