* Hoge resolutie: TEM's bieden de hoogste resolutie van elke microscoop, waardoor u de ingewikkelde details van organellen kunt visualiseren, zoals de interne structuren van mitochondriën, de opstelling van ribosomen op het endoplasmatisch reticulum of de interne organisatie van de kern.

* dunne secties: TEM vereist dat monsters extreem dun zijn (vaak slechts een paar honderd nanometer dik), waardoor elektronen kunnen passeren en een afbeelding kunnen maken. Deze dunne secties is essentieel voor het visualiseren van de interne structuren van organellen.

* Elektronenstraal: TEM gebruikt een elektronenstraal om het monster te verlichten. Elektronen hebben een veel kortere golflengte dan zichtbaar licht, waardoor ze veel fijnere details kunnen oplossen dan traditionele lichtmicroscopen.

Hoewel lichtmicroscopen kunnen worden gebruikt om enkele grotere organellen zoals kernen te bekijken, is hun resolutie niet voldoende om de gedetailleerde interne structuren van de meeste organellen te bestuderen.

Daarom is TEM de gouden standaard voor het bestuderen van de structuur van organellen .