Sommige gespecialiseerde gistingsprocessen kan voorkomen in andere cellulaire compartimenten:

* mitochondria: Hoewel niet direct betrokken bij fermentatie, kan mitochondria een rol spelen in bepaalde fermentatietrajecten door substraten te verstrekken of bijproducten te verwijderen. Bijvoorbeeld, bij melkzuurfermentatie wordt het pyruvaat geproduceerd in glycolyse in de mitochondriën getransporteerd, waar het verder kan worden verwerkt.

* vacuoles: In sommige organismen kunnen vacuolen fungeren als opslagcompartimenten voor fermentatieproducten. In gist kan de vacuole bijvoorbeeld ethanol opslaan die wordt geproduceerd tijdens alcoholische gisting.

Het is belangrijk om te onthouden dat dit uitzonderingen zijn en de overgrote meerderheid van de gistingsprocessen plaatsvinden in het cytoplasma.