Er is geen perfect synoniem voor 'prokaryoten', omdat de term zelf een wetenschappelijke classificatie is. Hier zijn echter enkele alternatieven afhankelijk van de context:

informeel:

* bacteriën: Hoewel niet helemaal nauwkeurig is (omdat Archaea ook prokaryoten zijn), worden "bacteriën" vaak in de buurt gebruikt.

* Microbials: Deze term omvat zowel prokaryoten als sommige eukaryoten zoals schimmels.

* eencellige organismen: Dit is breed, maar technisch nauwkeurig omdat alle prokaryoten eencellig zijn.

Meer formeel:

* monera: Een oudere classificatie met alle prokaryoten.

* Acellulaire organismen: Dit benadrukt het ontbreken van een kern en andere membraangebonden organellen.

* Pre-nucleaire organismen: Dit benadrukt hun evolutionaire status vóór de ontwikkeling van een kern.

Het beste alternatief hangt af van de specifieke context en het benodigde formaliteit.