* Celwand: Hoewel sommige eukaryoten celwanden hebben (zoals planten en schimmels), is het een bepalend kenmerk van prokaryoten.

* ribosomen: Zowel prokaryoten als eukaryoten hebben ribosomen, maar de ribosomen in prokaryoten zijn kleiner (70s) dan die in eukaryoten (80s).

* Circulair DNA: Prokaryoten hebben een enkel cirkelvormig chromosoom in een gebied dat de nucleoid wordt genoemd. Eukaryoten hebben lineaire chromosomen in een membraangebonden kern.

De combinatie van deze kenmerken wijst sterk op een prokaryotische cel.